Bioinformatique, Phylogénie et Génomique Evolutive
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Université Claude Bernard – Lyon 1
UMR-CNRS 5558 – Bat. Mendel
43 bd du 11 novembre 1918
69622 Villeurbanne cedex
France
Notre groupe se concentre sur deux axes principaux: la phylogénomique (c’est-à-dire l’inférence de l’histoire évolutive basée sur des données génomiques) et la génomique évolutive (comprendre les processus moléculaires et démographiques qui conduisent l’évolution du génome). Nos travaux s’appuient fortement sur les développements méthodologiques (bioinformatique, modélisation et inférence statistique). Les génomes sont le résultat d’un processus évolutif à long terme, façonné par de multiples forces évolutives. Certaines caractéristiques génomiques sont adaptatives (bénéfiques pour la fitness des organismes), d’autres résultent de processus non adaptatifs (dérive et conversion génique biaisée – BGC) ou sont causées par des conflits entre plusieurs niveaux de sélection (par exemple la propagation d’éléments génétiques égoïstes). Nous explorons différents aspects de l’architecture du génome (paysages de composition en bases, structure et taille du génome, impact des éléments transposables (ET)) ou de son fonctionnement (expression génique, lncRNA, paysages épigénétiques), et essayons d’élucider la contribution relative des processus adaptatifs et non-adaptatifs à leur évolution. Pour cela, nous considérons à la fois les mécanismes moléculaires et les processus populationnels qui façonnent la variation génétique.
Base de données
| Nom | Lien |
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Outils Bioinfo
[{"name":"Retrotransposon-spread, tool for parameter evaluation of LTR retrotransposon propagation in a genome","url":"https://github.com/SergeMOULIN/retrotransposons-spread"},{"name":"One code to find them all, tool for the parsing and analysis of Repeat-Masker output files","url":"http://doua.prabi.fr/software/one-code-to-find-them-all"},{"name":"Htdetect, too for the detection of horizontal transfers by comparative analysis of complete genomes","url":"https://github.com/l-modolo/htdetect"},{"name":"TEtools, tool for the analysis of RNAseq and small-RNAseq data to study the expression of TEs","url":"https://github.com/l-modolo/Tetools"}]
| Name | Link |
|---|---|
| Material Design Color Palette | GitHub |
| Material Design Iconic Font | Codepen |
Thematic