Evolution des génomes des Coffea (EvoGeC)
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Institut de Recherche pour le Développement (IRD), UMR DIADE, Montpellier, Department of Electronics and Automation, Universidad Autónoma de Manizales, Colombia
IRD
UMR DIADE
911 Ave Agropolis
34000 Montpellier
Intérêt scientifique
Les éléments transposables et plus particulièrement les rétrotransposons à LTR représentent la grande majorité des séquences des génomes des plantes. Ils contribuent notamment à la variation de la structure des chromosomes et de la taille des génomes. Ils ont également la possibilité de modifier l’expression des gènes et d’avoir un impact important sur la diversité phénotypique et génétique des espèces. Le genre Coffea est composé de 124 espèces, dont des espèces cultivées d’Arabica (C. arabica) et de Robusta (C. canephora). La taille des génomes varie de 420 Mb à 900 Mb selon les gradients géographiques en Afrique et à Madagascar, ce qui suggère que la variation des séquences répétées pourrait participer au processus d’évolution et de spéciation. Une évaluation récente a indiqué que 60% des espèces sauvages ont aujourd’hui menacées d’extinction, ce qui renforce l’urgence de les sauvegarder et de les analyser. Notre groupe étudie les mécanismes de l’évolution du génome du genre Coffea par des approches génomique et bioinformatique via un séquençage massif des espèces du genre, en utilisant des technologies de lectures longues et courtes. Nous sommes particulièrement intéressés à comprendre le mécanisme de la variation de la taille du génome dans le genre et ses conséquences sur la structure du génome et l’adaptation des espèces. Au niveau intraspécifique, l’impact des éléments transposables sur la diversité phénotypique et génétique des espèces est étudié par l’analyse des données de re-séquençage. Pour atteindre ces objectifs, des outils bioinformatiques sont en cours de développement pour détecter les polymorphismes d’insertion et pour détecter et annoter les lignées de rétrotransposons à LTR dans les données génomiques en utilisant l’intelligence artificielle. La compréhension des mécanismes de la variation de la taille du génome et de ses conséquences chez les espèces de Coffea permettra d’améliorer nos connaissances sur l’évolution du genre.
Les éléments transposables et plus particulièrement les rétrotransposons à LTR représentent la grande majorité des séquences des génomes des plantes. Ils contribuent notamment à la variation de la structure des chromosomes et de la taille des génomes. Ils ont également la possibilité de modifier l’expression des gènes et d’avoir un impact important sur la diversité phénotypique et génétique des espèces. Le genre Coffea est composé de 124 espèces, dont des espèces cultivées d’Arabica (C. arabica) et de Robusta (C. canephora). La taille des génomes varie de 420 Mb à 900 Mb selon les gradients géographiques en Afrique et à Madagascar, ce qui suggère que la variation des séquences répétées pourrait participer au processus d’évolution et de spéciation. Une évaluation récente a indiqué que 60% des espèces sauvages ont aujourd’hui menacées d’extinction, ce qui renforce l’urgence de les sauvegarder et de les analyser. Notre groupe étudie les mécanismes de l’évolution du génome du genre Coffea par des approches génomique et bioinformatique via un séquençage massif des espèces du genre, en utilisant des technologies de lectures longues et courtes. Nous sommes particulièrement intéressés à comprendre le mécanisme de la variation de la taille du génome dans le genre et ses conséquences sur la structure du génome et l’adaptation des espèces. Au niveau intraspécifique, l’impact des éléments transposables sur la diversité phénotypique et génétique des espèces est étudié par l’analyse des données de re-séquençage. Pour atteindre ces objectifs, des outils bioinformatiques sont en cours de développement pour détecter les polymorphismes d’insertion et pour détecter et annoter les lignées de rétrotransposons à LTR dans les données génomiques en utilisant l’intelligence artificielle. La compréhension des mécanismes de la variation de la taille du génome et de ses conséquences chez les espèces de Coffea permettra d’améliorer nos connaissances sur l’évolution du genre.
Base de données
| Nom | Lien |
|---|
Outils Bioinfo
[{"name": "NGSEP TF: Efficient homology-based annotation of transposable elements using minimizers","url":"https://doi.org/10.1002/aps3.11520"},{"name":"Inpactor2 LTR retrotransposon detector and classificator using Deep Learning","url":"https://github.com/simonorozcoarias/Inpactor2"},{"name": "TIP_Finder An HPC Software to Detect Transposable Element Insertion Polymorphisms in Large Genomic Datasets","url":"https://github.com/simonorozcoarias/TIP_finder"}]
| Name | Link |
|---|---|
| Material Design Color Palette | GitHub |
| Material Design Iconic Font | Codepen |
Thematic