Mécanismes épigénétiques et architecture de la chromatine (MEAC)
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Laboratoire génome et développement des plantes (LGDP), CNRS UMR 5096, Université de Perpignan Via Domitia (UPVD)
Université de Perpignan Bât T
58 Avenue Paul Alduy
66860 PERPIGNAN Cédex France
Intérêt scientifique
Notre équipe s’intéresse aux mécanismes cellulaires et moléculaires régulant transcriptionnellement l’expression des gènes et réprimant les éléments d’ADN répétés tels que les éléments transposables (TEs) chez les plantes. Les TEs ont une place centrale dans notre recherche. D’une part, nous étudions les processus épigénétiques impliqués dans la répression des TEs. D’autre part, nous nous intéressons au phénomène de domestication de gènes de TEs par la plante, aussi connu sous le nom d’« exaptation de gène de TEs, ETEs » ou co-option. En outre, nous étudions les variants structuraux et les isoformes de gènes impliquant des séquences de type TEs. Finalement, certains aspects de notre recherche se place dans un contexte de réponse aux stress environnementaux tels que la chaleur afin de mieux comprendre les processus épigénétiques et le rôle des TEs dans les phénomènes d’adaptation des plantes. Pour décortiquer ces processus moléculaires complexes, nous utilisons des approches de génétique directe et inverse combinées à des études épigénétiques, protéomiques, biochimiques et microscopiques. En parallèle, nous développons des approches NGS short et long read (Illumina et Oxford Nanopore Technologies) permettant de générer de gros jeux de données afin de répondre à des problématiques de génomiques (SNP calling, bisulfite sequencing, ChIP-seq, structural variants) ou transcriptomiques (RNA-seq, Oxford Nanopore Direct RNA Sequencing (ONT-DRS).
Notre équipe s’intéresse aux mécanismes cellulaires et moléculaires régulant transcriptionnellement l’expression des gènes et réprimant les éléments d’ADN répétés tels que les éléments transposables (TEs) chez les plantes. Les TEs ont une place centrale dans notre recherche. D’une part, nous étudions les processus épigénétiques impliqués dans la répression des TEs. D’autre part, nous nous intéressons au phénomène de domestication de gènes de TEs par la plante, aussi connu sous le nom d’« exaptation de gène de TEs, ETEs » ou co-option. En outre, nous étudions les variants structuraux et les isoformes de gènes impliquant des séquences de type TEs. Finalement, certains aspects de notre recherche se place dans un contexte de réponse aux stress environnementaux tels que la chaleur afin de mieux comprendre les processus épigénétiques et le rôle des TEs dans les phénomènes d’adaptation des plantes. Pour décortiquer ces processus moléculaires complexes, nous utilisons des approches de génétique directe et inverse combinées à des études épigénétiques, protéomiques, biochimiques et microscopiques. En parallèle, nous développons des approches NGS short et long read (Illumina et Oxford Nanopore Technologies) permettant de générer de gros jeux de données afin de répondre à des problématiques de génomiques (SNP calling, bisulfite sequencing, ChIP-seq, structural variants) ou transcriptomiques (RNA-seq, Oxford Nanopore Direct RNA Sequencing (ONT-DRS).
Base de données
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