Epigénétique, Reproduction et Eléments Transposables
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GRANDBASTIEN Marie-Angèle
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Institut Jean-Pierre Bourgin (IJPB), INRAE-AgroParisTech, UMR 1318, Université Paris Saclay
Bâtiment 2
INRAE Centre de Versailles-Grignon
Route de St-Cyr (RD10)
78026 Versailles Cedex (France)
Intérêt scientifique
L’équipe RETROS s’intéresse aux élements transposables (ETs) de plantes, et notamment les rétrotransposons à LTR. Nos modèles sont les Nicotianées allotétraploïdes (issues d’hybridations entre espèces diploïdes associées à un doublement génomique), et principalement le tabac. Nous étudions la réponse des rétrotransposons aux stress externes et aux croisements interspécifiques, et leur impact sur l’évolution du génome face à un environnement changeant. Nous avons récemment démontré que l’activation des ETs par l’allopolyploïdie était corrélée au niveau de divergence des populations d’ETs des parents diploïdes, confirmant ainsi l’hypothèse de B. McClintock que l’activation des ETs par le choc génomique était reliée à la confrontation de deux génomes parentaux divergents. Nous développons aussi des projets visant à évaluer l’impact fonctionnel des rétrotransposons sur l’expression de gènes de tabac. Nous avons démontré que les LTRs de plusieurs éléments peuvent initier, en conditions de stress, des transcrits chimériques s’étendant sur les séquences génomiques adjacentes. En modulant l’expression de gènes adjacents, les rétrotransposons pourraient donc jouer un rôle dans la réponse globale de l’hôte à divers stimuli. Nous avons développé une collaboration avec l’URGI (Unité de Recherche Génomique Info) pour l’utilisation du pipeline REPET afin de caractériser de novo la composante en ETs du tabac et de ses parents diploïdes. Notre objectif principal est d’évaluer si la production de transcrits chimériques de rétrotransposons pourrait être impliquée dans les modifications différentielles de l’expression des gènes orthologues apportés par chacun des parents. Ces modifications sont fréquemment observées chez les allopolyploïdes en réponse à des modifications environnementales, et pourraient faciliter l’adaptation de la nouvelle espèce hybride. Les rétrotransposons pourraient donc diversifier la réponse globale des hybrides au stress et être impliqués dans leur succès évolutif.
L’équipe RETROS s’intéresse aux élements transposables (ETs) de plantes, et notamment les rétrotransposons à LTR. Nos modèles sont les Nicotianées allotétraploïdes (issues d’hybridations entre espèces diploïdes associées à un doublement génomique), et principalement le tabac. Nous étudions la réponse des rétrotransposons aux stress externes et aux croisements interspécifiques, et leur impact sur l’évolution du génome face à un environnement changeant. Nous avons récemment démontré que l’activation des ETs par l’allopolyploïdie était corrélée au niveau de divergence des populations d’ETs des parents diploïdes, confirmant ainsi l’hypothèse de B. McClintock que l’activation des ETs par le choc génomique était reliée à la confrontation de deux génomes parentaux divergents. Nous développons aussi des projets visant à évaluer l’impact fonctionnel des rétrotransposons sur l’expression de gènes de tabac. Nous avons démontré que les LTRs de plusieurs éléments peuvent initier, en conditions de stress, des transcrits chimériques s’étendant sur les séquences génomiques adjacentes. En modulant l’expression de gènes adjacents, les rétrotransposons pourraient donc jouer un rôle dans la réponse globale de l’hôte à divers stimuli. Nous avons développé une collaboration avec l’URGI (Unité de Recherche Génomique Info) pour l’utilisation du pipeline REPET afin de caractériser de novo la composante en ETs du tabac et de ses parents diploïdes. Notre objectif principal est d’évaluer si la production de transcrits chimériques de rétrotransposons pourrait être impliquée dans les modifications différentielles de l’expression des gènes orthologues apportés par chacun des parents. Ces modifications sont fréquemment observées chez les allopolyploïdes en réponse à des modifications environnementales, et pourraient faciliter l’adaptation de la nouvelle espèce hybride. Les rétrotransposons pourraient donc diversifier la réponse globale des hybrides au stress et être impliqués dans leur succès évolutif.
Base de données
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