Evolution et Génomique des Interactions entre champignons et Plantes (EGIP)
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Biologie et Gestion des Risques en agriculture (BIOGER), INRAE UMR 1290, Université Paris-Saclay, AgroParisTech
Campus AgroParisTech, Avenue Louis Bretignières,
78850, Thiverval-Grignon, France
Intérêt scientifique
Nous utilisons les transposons comme outils de mutagénèse insertionnelle chez les champignons. Le transposon TC1-mariner impala du champignon Fusarium oxysposrum, a été introduit chez le champignon pathogène du blé Zymoseptoria tritici. Un vecteur contenant une copie autonome d’impala insérée dans le 5’UTR du gène d’A. nidulans codant une nitrate réductase, a été utilisé pour sélectionner des révertants capables d’utiliser le nitrate (Nia+). La plupart des révertants Nia+ de Z. tritici (80%) possèdent une copie d’impala insérée à un nouveau locus génomique. impala s’insère principalement dans les gènes (85%) à côté des sites d’initiation de la transcription (SIT, 50%). impala s’insère à faible fréquence dans les transposons natifs (1%) et les régions inter-géniques (14%). Nous avons émis l’hypothèse que l’insertion d’impala est influencée par l’état chromatinien du locus accepteur. Ainsi, l’inhibition des histone dé-acétylases de Z. tritici par la trichostatin qui conduit à l’ouverture de la chromatine, augmente la fréquence d’insertion d’impala dans les transposons natifs d’un facteur 5. La trichostatin change aussi le profil d’insertion d’impala dans les gènes (insertions dans les exons/introns x 1,5). Ces expériences suggèrent qu’impala s’insère préférentiellement à côté des TSS à cause de leur état chromatinien particulier. Cette propriété d’impala a été exploitée pour développer la mutagénèse par activation chez les champignons. Une copie modifiée d’impala contenant un promoteur constitutif fort (pGpd) a été inséré dans le 5’UTR du gène d’A. nidulans codant une nitrate réductase. Ce transposon chimère impala:Gpd transposon est capable de s’exciser et de se réinsérer dans le génome de Z. tritici. impala:Gpd s’insère préférentiellement dans les 5’UTRs et les promoteurs de Z. tritici, comme la copie native d’impala. Nous utilisons les collections de révertants d’impala (natif, activation de gènes) pour cribler des mutants de pathogénicité et identifier de nouveaux gènes impliqués dans le processus infectieux de Z. tritici.
Nous utilisons les transposons comme outils de mutagénèse insertionnelle chez les champignons. Le transposon TC1-mariner impala du champignon Fusarium oxysposrum, a été introduit chez le champignon pathogène du blé Zymoseptoria tritici. Un vecteur contenant une copie autonome d’impala insérée dans le 5’UTR du gène d’A. nidulans codant une nitrate réductase, a été utilisé pour sélectionner des révertants capables d’utiliser le nitrate (Nia+). La plupart des révertants Nia+ de Z. tritici (80%) possèdent une copie d’impala insérée à un nouveau locus génomique. impala s’insère principalement dans les gènes (85%) à côté des sites d’initiation de la transcription (SIT, 50%). impala s’insère à faible fréquence dans les transposons natifs (1%) et les régions inter-géniques (14%). Nous avons émis l’hypothèse que l’insertion d’impala est influencée par l’état chromatinien du locus accepteur. Ainsi, l’inhibition des histone dé-acétylases de Z. tritici par la trichostatin qui conduit à l’ouverture de la chromatine, augmente la fréquence d’insertion d’impala dans les transposons natifs d’un facteur 5. La trichostatin change aussi le profil d’insertion d’impala dans les gènes (insertions dans les exons/introns x 1,5). Ces expériences suggèrent qu’impala s’insère préférentiellement à côté des TSS à cause de leur état chromatinien particulier. Cette propriété d’impala a été exploitée pour développer la mutagénèse par activation chez les champignons. Une copie modifiée d’impala contenant un promoteur constitutif fort (pGpd) a été inséré dans le 5’UTR du gène d’A. nidulans codant une nitrate réductase. Ce transposon chimère impala:Gpd transposon est capable de s’exciser et de se réinsérer dans le génome de Z. tritici. impala:Gpd s’insère préférentiellement dans les 5’UTRs et les promoteurs de Z. tritici, comme la copie native d’impala. Nous utilisons les collections de révertants d’impala (natif, activation de gènes) pour cribler des mutants de pathogénicité et identifier de nouveaux gènes impliqués dans le processus infectieux de Z. tritici.
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