Génétique Évolutive et Adaptation des Plantes Domestiquées
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UMR Génétique Quantitative et Évolution - Le Moulon (GQE - Le Moulon), CNRS UMR 8120, INRAE 0320, AgroParisTech, Université Paris-Saclay
Chemin de Moulon
91190 Gif-sur-Yvette
France
Intérêt scientifique
Les éléments transposables sont des composants majeurs des génomes végétaux et leurs insertions montrent un fort niveau de polymorphisme intra-espèce. Les insertions d’éléments transposables peuvent modifier l’expression de gènes voisins en cassant les séquences cis-régulatrices existantes, en en fournissant de nouvelles ou en modifiant l’épissage ou la stabilité du transcrit du gène. En raison de leur capacité à insérer la même séquence à de nombreuses positions dans le génome, les éléments transposables sont de bons candidats pour moduler les réseaux de régulation génique et ainsi contribuer à la régulation moléculaire qui sous-tend la variation phénotypique des caractères polygéniques et l’adaptation locale. Notre équipe étudie la dynamique des éléments transposables, et l’impact des insertions d’éléments transposables sur la variation de l’expression des gènes entre individus et en réponse à l’environnement. Nous travaillons dans le cadre de la domestication des plantes et utilisons le maïs, la brassica et le pommier comme modèles pour comparer des individus dans le cadre de complexe d’espèces ou au sein d’une même espèce, collectés dans des zones géographiques distinctes ou cultivés dans des environnements contrastés. Nous nous intéressons aussi à l’impact d’une activité des éléments transposables (passée ou présente) sur l’évolution de la structure des génomes ainsi que sur leur expression en contexte de polyploïdie ou d’hybridation interspécifique. Pour répondre à ces questions, nous intégrons des données de génomique, d’épigénomique et de transcriptomique à l’aide d’outils bioinformatiques, et les combinons à des approches de génomique des populations et de biologie des systèmes. Comprendre dans quelle mesure les éléments transposables contribuent à la plasticité du génome et à la régulation de l’expression des gènes permet de mieux caractériser les bases moléculaires de l’adaptation et de l’évolution des plantes.
Les éléments transposables sont des composants majeurs des génomes végétaux et leurs insertions montrent un fort niveau de polymorphisme intra-espèce. Les insertions d’éléments transposables peuvent modifier l’expression de gènes voisins en cassant les séquences cis-régulatrices existantes, en en fournissant de nouvelles ou en modifiant l’épissage ou la stabilité du transcrit du gène. En raison de leur capacité à insérer la même séquence à de nombreuses positions dans le génome, les éléments transposables sont de bons candidats pour moduler les réseaux de régulation génique et ainsi contribuer à la régulation moléculaire qui sous-tend la variation phénotypique des caractères polygéniques et l’adaptation locale. Notre équipe étudie la dynamique des éléments transposables, et l’impact des insertions d’éléments transposables sur la variation de l’expression des gènes entre individus et en réponse à l’environnement. Nous travaillons dans le cadre de la domestication des plantes et utilisons le maïs, la brassica et le pommier comme modèles pour comparer des individus dans le cadre de complexe d’espèces ou au sein d’une même espèce, collectés dans des zones géographiques distinctes ou cultivés dans des environnements contrastés. Nous nous intéressons aussi à l’impact d’une activité des éléments transposables (passée ou présente) sur l’évolution de la structure des génomes ainsi que sur leur expression en contexte de polyploïdie ou d’hybridation interspécifique. Pour répondre à ces questions, nous intégrons des données de génomique, d’épigénomique et de transcriptomique à l’aide d’outils bioinformatiques, et les combinons à des approches de génomique des populations et de biologie des systèmes. Comprendre dans quelle mesure les éléments transposables contribuent à la plasticité du génome et à la régulation de l’expression des gènes permet de mieux caractériser les bases moléculaires de l’adaptation et de l’évolution des plantes.
Base de données
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