ICE : Transfert & Adaptation (ICE-TeA)
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Dynamique des Génomes et Adaptation Microbienne (DynAMic), UMR1128, Université de Lorraine
Faculté des Sciences et Technologies
Bd des Aiguillettes BP70239
54506 Vandœuvre-lès-Nancy
Intérêt scientifique
Notre équipe étudie des éléments génétiques mobiles bactériens qui sont chromosomiques mais capables de s’exciser sous forme circulaire et de se transférer par conjugaison vers d’autres bactéries. Ces éléments appelés Eléments Intégratifs Conjugatifs (ICE) ou Transposons Conjugatifs participent aux transferts horizontaux de gènes (résistance aux antimicrobiens, virulence, réponse au stress…) et à l’évolution du génome chez les bactéries par plusieurs mécanismes : (i) par leur transfert autonome par conjugaison, (ii) par mobilisation en cis d’éléments génétiques bordés de sites de recombinaison fonctionnels, (iii) par mobilisation en trans d’éléments excisables mais non autonomes pour leur transfert par conjugaison (Eléments Intégratifs Mobilisables ou IME) et (iv) par transfert de type Hfr de longs fragments du chromosome. Nos études portent essentiellement sur les Firmicutes et combinent des approches expérimentales (expériences de conjugaison et mobilisation de gènes, caractérisation biochimique des acteurs de la machinerie de conjugaison…) et de bioinformatique (annotation de génomes, outil de détection d’éléments dans les génomes ICE/IME-screen).
Notre équipe étudie des éléments génétiques mobiles bactériens qui sont chromosomiques mais capables de s’exciser sous forme circulaire et de se transférer par conjugaison vers d’autres bactéries. Ces éléments appelés Eléments Intégratifs Conjugatifs (ICE) ou Transposons Conjugatifs participent aux transferts horizontaux de gènes (résistance aux antimicrobiens, virulence, réponse au stress…) et à l’évolution du génome chez les bactéries par plusieurs mécanismes : (i) par leur transfert autonome par conjugaison, (ii) par mobilisation en cis d’éléments génétiques bordés de sites de recombinaison fonctionnels, (iii) par mobilisation en trans d’éléments excisables mais non autonomes pour leur transfert par conjugaison (Eléments Intégratifs Mobilisables ou IME) et (iv) par transfert de type Hfr de longs fragments du chromosome. Nos études portent essentiellement sur les Firmicutes et combinent des approches expérimentales (expériences de conjugaison et mobilisation de gènes, caractérisation biochimique des acteurs de la machinerie de conjugaison…) et de bioinformatique (annotation de génomes, outil de détection d’éléments dans les génomes ICE/IME-screen).
Base de données
| Nom | Lien |
|---|
Outils Bioinfo
[{"name":"ICEscreen is a bioinformatic pipeline for the detection and annotation of ICEs (Integrative and Conjugative Elements) and IMEs (Integrative and Mobilizable Elements) in Bacillota genomes.","url":"https://forgemia.inra.fr/ices_imes_analysis/icescreen"}]
| Name | Link |
|---|---|
| Material Design Color Palette | GitHub |
| Material Design Iconic Font | Codepen |