Mécanismes d’Adaptatio et Organisation du Génome (MANGO)
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Laboratoire Génome et Développement des Plantes (LGDP), CNRS UMR5096, Université Perpignan Via domitia
52 avenue Paul alduy
Université de Perpignan Via Domitia
66860 Perpignan cedex
Intérêt scientifique
Les activités de recherche du groupe portent principalement sur la structure, l’évolution et la fonction des génomes d’espèces sauvages et cultivées du genre Oryza (riz), en particulier l’impact des éléments transposables (ET) et de la duplication du génome. Nos études antérieures sur les rétrotransposons à LTR, nous ont conduit à proposer un modèle pour l’évolution des génomes des plantes (Vitte et Panaud, 2005) dans lequel deux forces contraires, l’expansion par la rétrotransposition (Piegu et al., 2006) et la contraction par recombinaison ou par la délétion (Vitte et al., 2007 ; Vitte and Panaud, 2003), sont responsables de la variation de la taille du génome. Nous avons participé à l’annotation de rétrotransposons à LTR dans le génome du riz dans le « Rice Annotation Project » (RAP3) et nous avons créé une base de données rétrotransposons à LTR pou le riz, disponible à www.retroryza.org (Chaparro et al., 2007). Notre projets actuels portent sur des études fonctionnelles des TE dans le génome du riz et sur l’utilisation des techniques de séquençage de nouvelle génération suivante afin de comprendre la dynamique du génome à court terme par analyse de la mobilité des TE chez le riz (Sabot, Picault, et al., 2011). L’importance de la duplication du génome a été mis en évidence par l’analyse du génome des espèces modèles, Arabidopsis thaliana et Oryza sativa. Plusieurs mécanismes impliqués dans l’évolution du génome après duplication (le réarrangement de grande envergure (Blanc et al. 2000), la diploïdisation, les fusion imbriqués de chromosomes (Salse et al. 2008) et l’activité des TE) ont été caractérisés. Nous avons récemment décrit l’importance de la conversion génique récurrent à grande échelle dans l’évolution des espèces du genre Oryza (Jacquemin et al. 2009). Les travaux futurs concerne l’application d’outils communs pour élucider les mécanismes conservés et spécifiques impliqués dans l’évolution des génomes des animaux et des plantes.
Les activités de recherche du groupe portent principalement sur la structure, l’évolution et la fonction des génomes d’espèces sauvages et cultivées du genre Oryza (riz), en particulier l’impact des éléments transposables (ET) et de la duplication du génome. Nos études antérieures sur les rétrotransposons à LTR, nous ont conduit à proposer un modèle pour l’évolution des génomes des plantes (Vitte et Panaud, 2005) dans lequel deux forces contraires, l’expansion par la rétrotransposition (Piegu et al., 2006) et la contraction par recombinaison ou par la délétion (Vitte et al., 2007 ; Vitte and Panaud, 2003), sont responsables de la variation de la taille du génome. Nous avons participé à l’annotation de rétrotransposons à LTR dans le génome du riz dans le « Rice Annotation Project » (RAP3) et nous avons créé une base de données rétrotransposons à LTR pou le riz, disponible à www.retroryza.org (Chaparro et al., 2007). Notre projets actuels portent sur des études fonctionnelles des TE dans le génome du riz et sur l’utilisation des techniques de séquençage de nouvelle génération suivante afin de comprendre la dynamique du génome à court terme par analyse de la mobilité des TE chez le riz (Sabot, Picault, et al., 2011). L’importance de la duplication du génome a été mis en évidence par l’analyse du génome des espèces modèles, Arabidopsis thaliana et Oryza sativa. Plusieurs mécanismes impliqués dans l’évolution du génome après duplication (le réarrangement de grande envergure (Blanc et al. 2000), la diploïdisation, les fusion imbriqués de chromosomes (Salse et al. 2008) et l’activité des TE) ont été caractérisés. Nous avons récemment décrit l’importance de la conversion génique récurrent à grande échelle dans l’évolution des espèces du genre Oryza (Jacquemin et al. 2009). Les travaux futurs concerne l’application d’outils communs pour élucider les mécanismes conservés et spécifiques impliqués dans l’évolution des génomes des animaux et des plantes.
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