Dynamique de l’adaptation et Diversité des plantes
cs_picture_multi_link
UMR DIADE
911 Avenue Agropolis BP 64501
34394 Montpellier Cedex 5
France
Notre équipe étudie l’effet de l’anthropisation sur les plantes d’intérêt agronomiques et sauvages, en particulier dans les pays du Sud. Plus spécifiquement, nous étudions l’impact de cet effet sur la structure des génomes et des éléments transposables via une approche pangénomique. Cette approche permet d’appréhender les variations à l’échelle des populations, mais implique des méthodologies informatiques avancées : assemblage de génomes, mapping short reads/long reads, détections de variants, annotation de génomes, création de pangénomes et de graphes de pangénomes, linéarisation et visualisation de pangénomes, gestion des données massives, etc. Nos modèles sont principalement les riz asiatiques et africains, mais nous travaillons aussi en collaboration sur la drosophile, le moustique, le mil, les algues…
Base de données
| Nom | Lien |
|---|
Outils Bioinfo
[{"name":"TrEMOLO Transposable Elements MOvement detection using LOng reads","url":"https://github.com/DrosophilaGenomeEvolution/TrEMOLO"},{"name":"BioGraph, Julia package for handle genome graph in the GFA format. It reads information from GFA input, extract simple bidirected graphs and find the longest linear path in those graphs","url":"https://github.com/nguyetdang/BioGraph.jl"},{"name": "CulebrONT, an open-source, scalable, modulable and traceable snakemake pipeline, able to launch multiple assembly tools in parallel and providing help for choosing the best possible assembly between all possibilities","url":"https://github.com/SouthGreenPlatform/CulebrONT_pipeline"},{"name":"LTRclassifier, an online tool to assign plant LTR retrotransposons to their Superfamily","url":" http://ltrclassifier.ird.fr/"}]
| Name | Link |
|---|---|
| Material Design Color Palette | GitHub |
| Material Design Iconic Font | Codepen |
Thematic