Réarrangements programmés du génome
cs_picture_multi_link
Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), UMR 9198, Université Paris-Saclay
1 avenue de la Terrasse
91198 Gif-sur-Yvette cedex
France
Intérêt scientifique
Les transposons ADN sont mobilisés au sein de leurs génomes-hôtes grâce à l’action de leur transposase, une enzyme qui se fixe spécifiquement aux extrémités des transposons et y introduit les coupures de l’ADN initiatrices de la transposition. Nous étudions la contribution des éléments transposables (ET) à la dynamique des génomes chez un unicellulaire modèle, le cilié Paramecium tetraurelia. La paramécie possède deux différents types de noyaux dans son cytoplasme : le macronoyau somatique (MAC), siège de la transcription génique, et deux micronoyaux germinaux (MIC), essentiels pour la reproduction sexuée. A chaque cycle sexuel, un nouveau MAC est formé à partir du MIC, au cours d’un processus impliquant l’élimination de ~30% d’ADN germinal, comportant des ET et d’autres séquences répétées. L’un des acteurs-clés de ces réarrangements programmés du génome somatique est l’endonucléase PiggyMac, une transposase PiggyBac domestiquée catalytiquement active qui, en association avec cinq autres transposases domestiquées de la même famille, introduit des coupures double-brin sur l’ADN aux extrémités de ~45 000 séquences germinales apparentées à des transposons Tc/mariner, initiant ainsi leur excision précise. L’un des principaux axes de recherche de notre équipe est la compréhension des mécanismes moléculaires impliqués dans l’élimination programmée d’ADN et le contrôle épigénétique des réarrangements. Nous combinons des approches génétiques, biochimiques et cellulaires à l’utilisation de méthodes de séquençage haut-débit pour caractériser le rôle du complexe associé à l’endonucléase, la fonction de ses différentes sous-unités et la manière dont il reconnaît ses cibles sur la chromatine. Nous étudions également comment le complexe responsable de l’introduction des coupures sur l’ADN interagit avec la voie de réparation par non-homologous end joining (NHEJ) et préserve ainsi l’intégrité du génome pendant les réarrangements programmés. Dans le cadre d’un grand projet France Génomique de séquençage, coordonné par Sandra Duharcourt, également membre du GDR, notre équipe contribue à l’assemblage et l’annotation des génomes germinaux et somatiques de 13 espèces de paramécies.
Les transposons ADN sont mobilisés au sein de leurs génomes-hôtes grâce à l’action de leur transposase, une enzyme qui se fixe spécifiquement aux extrémités des transposons et y introduit les coupures de l’ADN initiatrices de la transposition. Nous étudions la contribution des éléments transposables (ET) à la dynamique des génomes chez un unicellulaire modèle, le cilié Paramecium tetraurelia. La paramécie possède deux différents types de noyaux dans son cytoplasme : le macronoyau somatique (MAC), siège de la transcription génique, et deux micronoyaux germinaux (MIC), essentiels pour la reproduction sexuée. A chaque cycle sexuel, un nouveau MAC est formé à partir du MIC, au cours d’un processus impliquant l’élimination de ~30% d’ADN germinal, comportant des ET et d’autres séquences répétées. L’un des acteurs-clés de ces réarrangements programmés du génome somatique est l’endonucléase PiggyMac, une transposase PiggyBac domestiquée catalytiquement active qui, en association avec cinq autres transposases domestiquées de la même famille, introduit des coupures double-brin sur l’ADN aux extrémités de ~45 000 séquences germinales apparentées à des transposons Tc/mariner, initiant ainsi leur excision précise. L’un des principaux axes de recherche de notre équipe est la compréhension des mécanismes moléculaires impliqués dans l’élimination programmée d’ADN et le contrôle épigénétique des réarrangements. Nous combinons des approches génétiques, biochimiques et cellulaires à l’utilisation de méthodes de séquençage haut-débit pour caractériser le rôle du complexe associé à l’endonucléase, la fonction de ses différentes sous-unités et la manière dont il reconnaît ses cibles sur la chromatine. Nous étudions également comment le complexe responsable de l’introduction des coupures sur l’ADN interagit avec la voie de réparation par non-homologous end joining (NHEJ) et préserve ainsi l’intégrité du génome pendant les réarrangements programmés. Dans le cadre d’un grand projet France Génomique de séquençage, coordonné par Sandra Duharcourt, également membre du GDR, notre équipe contribue à l’assemblage et l’annotation des génomes germinaux et somatiques de 13 espèces de paramécies.
Base de données
| Nom | Lien |
|---|
Thematic