Réplication Virale et Interactions entre acides nucléiques et protéines
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Institut Pasteur
Dpt de Virologie
Bat. Duclaux, 1er étage
28, rue du Dr Roux
75015 Paris, France
Intérêt scientifique
Nous étudions la réplication des virus VIH-1 et SARS-CoV-2, par des approches biochimiques, cellulaires et génomiques. Les éléments et mécanismes identifiés devraient permettre de proposer de nouvelles stratégies antivirales. Deux paramètres de la réplication du VIH-1 sont étudiés : l’environnement tridimensionnel de la chromatine autour des copies virales intégrées et les ADN topoisomérases des cellules infectées. Une attention particulière est portée à l’expression des provirus intégrés et à la répression de cette expression au cours de la latence virale. Dans le cadre de ces études, nous avons participé au développement de nouveaux outils de HiC/CaptureC permettant de caractériser l’environnement chromatinien de différents génomes viraux (Moreau et al., 2018). Nous avons également découvert un rôle inattendu de l’ADN topoisoimerase 1 dans la répression de la transcription du VIH-1, cette répression nécessitant une interaction directe entre cette enzyme et des quadruplexes de guanines (G4) présents sur le promoteur viral (Lista et al., en révision). En 2020, nous avons démarré l’étude de l’interaction entre la protéine Nsp3 de SARS-CoV-2 et des G4s cellulaires. Cette étude, nous a permis de démontrer et caractériser in vitro l’interaction entre le domaine SUD (SARS Unique Domain) d’Nsp3 de SARS-CoV-2 et différentes structures G4s (Lavigne et al., en révision). De manière intéressante, des ligands de G4 inhibent l’interaction SUD/G4 et possèdent une activité anti-SARS-CoV-2. Ce projet est poursuivi par une étude biochimique, structurale et fonctionnelle de cette interaction et par la recherche de nouvelles molécules antivirales ciblant cette interaction. Compte-tenu du rôle de SUD dans la réplication des virus SARS-CoV et SARS-CoV-2, ces molécules ont un fort potentiel thérapeutique (brevet européen 20306606.3). Nos projets bénéficient de collaborations précieuses avec différentes équipes (R. Koszul, Y. Pommier, H. Munier-Lehmann, P. England, JL. Mergny, MP. Teulade-Fichou, J. Guillon, G. Pratviel) et de financements par l’I. Pasteur, l’ANRS, Sidaction et l’ANR.
Nous étudions la réplication des virus VIH-1 et SARS-CoV-2, par des approches biochimiques, cellulaires et génomiques. Les éléments et mécanismes identifiés devraient permettre de proposer de nouvelles stratégies antivirales. Deux paramètres de la réplication du VIH-1 sont étudiés : l’environnement tridimensionnel de la chromatine autour des copies virales intégrées et les ADN topoisomérases des cellules infectées. Une attention particulière est portée à l’expression des provirus intégrés et à la répression de cette expression au cours de la latence virale. Dans le cadre de ces études, nous avons participé au développement de nouveaux outils de HiC/CaptureC permettant de caractériser l’environnement chromatinien de différents génomes viraux (Moreau et al., 2018). Nous avons également découvert un rôle inattendu de l’ADN topoisoimerase 1 dans la répression de la transcription du VIH-1, cette répression nécessitant une interaction directe entre cette enzyme et des quadruplexes de guanines (G4) présents sur le promoteur viral (Lista et al., en révision). En 2020, nous avons démarré l’étude de l’interaction entre la protéine Nsp3 de SARS-CoV-2 et des G4s cellulaires. Cette étude, nous a permis de démontrer et caractériser in vitro l’interaction entre le domaine SUD (SARS Unique Domain) d’Nsp3 de SARS-CoV-2 et différentes structures G4s (Lavigne et al., en révision). De manière intéressante, des ligands de G4 inhibent l’interaction SUD/G4 et possèdent une activité anti-SARS-CoV-2. Ce projet est poursuivi par une étude biochimique, structurale et fonctionnelle de cette interaction et par la recherche de nouvelles molécules antivirales ciblant cette interaction. Compte-tenu du rôle de SUD dans la réplication des virus SARS-CoV et SARS-CoV-2, ces molécules ont un fort potentiel thérapeutique (brevet européen 20306606.3). Nos projets bénéficient de collaborations précieuses avec différentes équipes (R. Koszul, Y. Pommier, H. Munier-Lehmann, P. England, JL. Mergny, MP. Teulade-Fichou, J. Guillon, G. Pratviel) et de financements par l’I. Pasteur, l’ANRS, Sidaction et l’ANR.
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