Impacts fonctionnels, Évolution et adaptation du génome, Mécanismes et épigénétique

Evolution and Ecology

Meiosis and recombination

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CLEMENT Julie

Méiose et recombinaison

Meiosis, PRDM9, Recombination cs_database cs_tools CLEMENT Julie [] Méiose et recombinaison La méiose est une division cellulaire spécialisée qui permet chez les organismes à reproduction sexuée de former des cellules haploïdes à partir de cellules diploïdes. Ceci est réalisé par un cycle cellulaire constitué d’une phase de réplication de l’ADN suivi par deux divisions. La ségrégation réductionnelle des chromosomes en première division de méiose nécessite l’établissement de connections entre chromosomes homologues. Celles-ci sont établies pendant la prophase de la première division par recombinaison homologue (RH) qui génère des échanges réciproques, appelés crossing over, entre homologues. L’absence de crossing over conduit le plus souvent à des défauts de ségrégation et à la stérilité. Des altérations du programme de RH peuvent aussi conduire à de l’instabilité génomique et à des aneuploïdies. Par ailleurs, les événements de RH en méiose déterminent les associations génétiques et contribuent à la diversité des génomes et à leur évolution. Notre équipe s’intéresse à plusieurs aspects du mécanisme moléculaire de la RH méiotique et de ses implications évolutives en utilisant la souris comme modèle. La RH méiotique est initiée par l’induction programmée de centaines de cassures double brin de l’ADN dont la réparation conduit à la formation de crossing over et conversion géniques. Les principales étapes et facteurs impliqués dans ces processus ont été conservés au cours de l’évolution. Une nouvelle thématique est d’étudier la régulation de la formation des casssures et de leur réparation dans les éléments transposables (ET). Ces séquences homologues disséminées dans tout le génome sont un défi supplémentaire pour le maintien de l’intégrité du génome pendant la RH méiotique. En effet, toute cassure ayant lieu dans un ET pourrait en théorie être réparée avec une copie située en position non allélique et conduire à des réarrangements génétiques. L’objectif est de comprendre comment la RH méiotique fait face à la présence d’ETs dans les génomes. Institute of Human Genetics (IGH) UMR 9002, Université de Montpellier

141 rue de la Cardonille

Montpellier – France

Méiose et recombinaisoncs_databasecs_tools

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Fish evolutionary genomics

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Volff Jean-Nicolas

Génomique évolutive des poissons

Chromatine, Génomique comparative, Développement, Domestication, Evolution, Poissons, Nouveaux gènes, Réseau de régulation, Sexe, Vertébrés cs_database cs_tools Volff Jean-Nicolas [] Génomique évolutive des poissons Notre équipe étudie les effets des éléments transposables sur la structure et l’évolution des génomes de poissons et d’autres vertébrés. Nous analysons l’impact des éléments transposables sur l’évolution rapide des réseaux de régulations géniques à l’exemple des gènes sexe-biaisés dans les gonades de poissons. Nous étudions également les nouveaux gènes dérivés d’éléments transposables qui ont contribué à l’émergence et la diversification des vertébrés, à l’exemple d’une famille de gènes impliqués dans le développement embryonnaire du système nerveux. Enfin, dans le cadre d’un projet interdisciplinaire à l’interface entre la biologie et la physique, nous analysons les interactions entre les éléments transposables et la structure de la chromatine dans une perspective de génomique comparative. Institut de Génomique Fonctionnelle de Lyon (IGFL)

Ecole Normale Supérieure de Lyon

CNRS UMR 5242, Université de Lyon I

46, allée d’Italie

69364 Lyon cedex 07

France

Génomique évolutive des poissonscs_databasecs_tools

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Nuclear dynamics and repetitive DNA in tissue homeostasis

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SIUDEJA Kasia

Dynamique du noyau et l'ADN répétitif dans l'homéostasie tissulaire

Cellules souches adultes, Vieillissement, Dommage à l'ADN, Drosophila, Intestin, Régénération, Rétrotransposons, Mutation somatique cs_database cs_tools SIUDEJA Kasia [] Dynamique du noyau et l'ADN répétitif dans l'homéostasie tissulaire L’homéostasie tissulaire nécessite le maintien de la fonction des différents types de cellules différenciées, ainsi que des cellules progénitrices qui assurent l’auto-renouvellement des tissus, et ce tout au long de la vie. Nous avons pour objectif de caractériser les rôles que jouent les séquences répétées d’ADN, notamment les éléments transposables (ET), dans les tissus somatiques et dans les différents types de cellules qui les composent. L’impact des éléments transposables sur le soma est un domaine de recherche actif. Bien que la plupart des séquences d’ET restent silencieuses dans les cellules somatiques, certaines sont activement transcrites et une fraction peut conserver sa capacité à se mobiliser par des mécanismes de copier-coller. Nos projets visent à mieux comprendre : 1- Comment les ET, ou d’autres séquences répétées d’ADN, sont contrôlés dans les différents types de cellules somatiques ? 2- Quel est l’impact de l’ADN répété sur les fonctions cellulaires in vivo ? 3- Quelles sont les conséquences à long terme de l’activité des séquences répétées au niveau des tissus et de l’organisme ? Pour répondre à ces questions, nous combinons des approches de biologie du développement, de biologie cellulaire et de génomique, en utilisant la mouche du vinaigre, Drosophila melanogaster, comme système modèle. Nous nous concentrons principalement sur le tissu intestinal de la mouche, un épithélium auto-renouvelable, maintenu par une population de cellules souches multipotentes. En plus de ses fonctions digestives, ce tissu est essentiel pour les réponses immunitaires et au stress, ainsi que pour la longévité de l’organisme. Nos projets combinent diverses méthodes expérimentales, telles que la génétique, la génomique, la bio-informatique, l’imagerie, ou les études de longévité. Institut for Integrative Biology opf the Cell (I2BC), CNRS UMR 9198, Inserm U1280, CEA ,Université Paris-Saclay

Avenue de la Terrasse, Bat. 21

91198 Gif-sur-Yvette

France

Dynamique du noyau et l'ADN répétitif dans l'homéostasie tissulairecs_databasecs_tools

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Pathophysiology of transposable elements in the brain

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FUCHS Julia

Physiopathologie des éléments transposables dans le cerveau

Maladie d'Alzheimer, Epigénétique, Plasticité génomique, HERV, LINE-1, Neurodégénérescence, Maladie de Parkinson, Rétrotransposons cs_database cs_tools FUCHS Julia [] Physiopathologie des éléments transposables dans le cerveau Nous étudions la signature, la régulation, le rôle physiologique et les conséquences physiopathologiques de l’activation des éléments transposables dans le cerveau adulte. Environ la moitié du génome humain est composée de séquences dérivées d’éléments transposables. Ces éléments mobiles se sont auto-amplifiés et ont façonné le génome humain au cours de l’évolution et contribuent aux réseaux de régulation des gènes. Bien que la plupart de ces séquences soient désormais fossilisées et immobiles, certains rétrotransposons (par exemple les LINE-1) ont conservé un potentiel de mobilité dans le génome humain et d’autres (par exemple les rétrovirus endogènes humains ; HERV) ont conservé un potentiel de codage qui est au moins partiel. Des preuves récentes suggèrent qu’une activation incontrôlée des rétrotransposons LINE-1, normalement réprimée par divers niveaux de contrôle cellulaire, est à l’origine de l’instabilité génomique et de l’inflammation. Nous avons récemment montré que l’activation de LINE-1 provoque la neurodégénérescence des neurones dopaminergiques dans le mésencéphale ventral de la souris, une population neuronale vulnérable dans la maladie de Parkinson. En outre, l’induction d’altérations épigénétiques dans ces neurones entraîne une activation précoce de LINE-1 et une neurodégénérescence tardive. L’activation des LINE-1, par exemple au cours du vieillissement, pourrait donc être un acteur central dans la pathogenèse de la maladie de Parkinson et potentiellement d’autres maladies neurodégénératives. Actuellement, nous étudions les mécanismes cellulaires et moléculaires qui relient ces éléments transposables aux maladies neurodégénératives. Cela contribuera également à notre compréhension de la manière dont on pourrait éventuellement intervenir dans ce processus. Nous constatons que la protéine ORF1p codée par LINE-1 est facilement exprimée dans tout le cerveau à l’état basale. Pourtant, on ne sait pas grand-chose sur la régulation et les modes d’expression des éléments L1, de leur ARN ou des protéines codées dans le cerveau, ni avec quelles protéines les protéines codées LINE-1 ORF1p et ORF2p interagissent et comment cela affecte la physiologie et la pathophysiologie du cerveau. Center for Interdisciplinary Research in Biology (CIRB), Collège de France, CNRS UMR 7241, Inserm U1050, Université Paris Sciences & Lettres (PSL)

11, place Marcelin Berthelot

75005 Paris

Physiopathologie des éléments transposables dans le cerveaucs_databasecs_tools

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Epigenetic regulation of transposable elements in Arabidopsis

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DELERIS Angélique

Régulation épigénétique des éléments transposables chez Arabidopsis

Arabidopsis, DNA methylation, Epigénétique, Plante, Polycomb cs_database cs_tools DELERIS Angélique [] Régulation épigénétique des éléments transposables chez Arabidopsis Transposable Elements (TE) are repeated sequences that can potentially move and multiply in the genome. They often have been found to be activated in response to stress such as that induced by microbial infection. Transposition can be deleterious and is repressed via several layers of regulation; on the other hand, TE mobilization has been recognized as a driving force of evolution and adaptation in various organisms, in particular by providing nearby genes with genetic or epigenetic regulatory modules that can impact transcriptional programs. Therefore, the study of TE regulation is essential to understand both the conditions for their transposition and their influence on nearby genes, thus their potential for conferring adaptation. My team studies, in the model plant Arabidopsis thaliana, the molecular determinants TE activation -in particular during biotic stress- as well as the epigenetic mechanisms (RNAi, DNA methylation, Polycomb-mediated Histone 3 Lysine 27 trimethylation) that negatively control TE transcription; we also want to understand the crosstalk between these activating and silencing pathways and its output as for TE transcription and transposition during plant-pathogen interactions. We are tackling a number of fundamental issues: 1) What are the transcription factors that associate with a given TE and their interactions with epigenetic marks, in particular during stress response? 2) What is the biological role of Polycomb at TEs and its repression potential compared to DNA methylation? What determines Polycomb complexes recruitment at TEs and what could favour it, sometimes, over DNA methylation? 3) What is the balance between TE activation and silencing during various biotic stresses? How is transposition regulated in this context? What is the impact on plant-pathogen interactions? For this purpose, we implement genetic and molecular biology approaches associated with emerging epigenomic as well as DNA/ RNA centered methodologies to analyze chromatin and transposition. Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), CNRS UMR 9198, CEA, Université Paris-Saclay

1, avenue de la terrasse

91198 Gif-sur-Yvette cedex

FRANCE

Régulation épigénétique des éléments transposables chez Arabidopsiscs_databasecs_tools

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Pathogenesis of ruminant mycoplasmoses

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CITTI Christine

Pathogenèse des infections par les mycoplasmes chez les ruminants

Evolution, Transfert horizontal, Mycoplasmes, Pathogénicité cs_database cs_tools CITTI Christine [] Pathogenèse des infections par les mycoplasmes chez les ruminants Le transfert horizontal de gènes (THG), un moteur de l’évolution bactérienne, a longtemps été considéré comme marginal chez les mycoplasmes, dont on a longtemps pensé que l’évolution était uniquement due à des pertes de gènes. Il y a 10 ans, ce dogme a été remis en question par notre groupe et les données collectées depuis indiquent que les génomes des mycoplasmes sont en fait très mobiles. Notre objectif est de décrypter les mécanismes mis au point par ces bactéries minimales pour accéder à un réservoir considérable de ressources génétiques réparties entre un grand nombre d’espèces. En combinant les expériences d’accouplement classiques à la génomique comparative et fonctionnelle, les éléments intégratifs et conjugatifs (ICE) ont été identifiés comme étant essentiels aux flux de gènes horizontaux au sein des espèces de mycoplasmes et entre elles. Cependant, la conjugaison des mycoplasmes ne se limite pas à la transmission des ICE, mais implique également le transfert de fragments chromosomiques, allant du SNP à plusieurs dizaines de kbs. A partir de deux cellules parentales, ce phénomène est capable de générer une multitudes de descendants ayant des génomes mosaïques, chacun étant unique. En plus de fournir un nouveau cadre pour comprendre l’acquisition et la dissémination de nouveaux traits phénotypiques chez les mycoplasmes, nos études élargissent le concept de cellule minimale au contexte plus large de celui du génome « open source ». Interactions Hôtes-Agents Pathogènes, UMR, INRA, ENVT

23 chemin des Capelles

BP 87614 – 31076 Toulouse Cedex 3

France

Pathogenèse des infections par les mycoplasmes chez les ruminantscs_databasecs_tools

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Genomics, Evolution and Adaptation of Domesticated plants

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VITTE Clémentine

Génétique Évolutive et Adaptation des Plantes Domestiquées

Adaptation, Bioinformatique, DNA methylation, Résponse environnementale, Epigénomique, Transfert horizontal, MITEs, Polyploidie, Rétrotransposons, Variation structurale cs_database cs_tools VITTE Clémentine [] Génétique Évolutive et Adaptation des Plantes Domestiquées Les éléments transposables sont des composants majeurs des génomes végétaux et leurs insertions montrent un fort niveau de polymorphisme intra-espèce. Les insertions d’éléments transposables peuvent modifier l’expression de gènes voisins en cassant les séquences cis-régulatrices existantes, en en fournissant de nouvelles ou en modifiant l’épissage ou la stabilité du transcrit du gène. En raison de leur capacité à insérer la même séquence à de nombreuses positions dans le génome, les éléments transposables sont de bons candidats pour moduler les réseaux de régulation génique et ainsi contribuer à la régulation moléculaire qui sous-tend la variation phénotypique des caractères polygéniques et l’adaptation locale. Notre équipe étudie la dynamique des éléments transposables, et l’impact des insertions d’éléments transposables sur la variation de l’expression des gènes entre individus et en réponse à l’environnement. Nous travaillons dans le cadre de la domestication des plantes et utilisons le maïs, la brassica et le pommier comme modèles pour comparer des individus dans le cadre de complexe d’espèces ou au sein d’une même espèce, collectés dans des zones géographiques distinctes ou cultivés dans des environnements contrastés. Nous nous intéressons aussi à l’impact d’une activité des éléments transposables (passée ou présente) sur l’évolution de la structure des génomes ainsi que sur leur expression en contexte de polyploïdie ou d’hybridation interspécifique. Pour répondre à ces questions, nous intégrons des données de génomique, d’épigénomique et de transcriptomique à l’aide d’outils bioinformatiques, et les combinons à des approches de génomique des populations et de biologie des systèmes. Comprendre dans quelle mesure les éléments transposables contribuent à la plasticité du génome et à la régulation de l’expression des gènes permet de mieux caractériser les bases moléculaires de l’adaptation et de l’évolution des plantes. UMR Génétique Quantitative et Évolution - Le Moulon (GQE - Le Moulon), CNRS UMR 8120, INRAE 0320, AgroParisTech, Université Paris-Saclay

Chemin de Moulon

91190 Gif-sur-Yvette

France

Génétique Évolutive et Adaptation des Plantes Domestiquéescs_databasecs_tools

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Transgenerational Epigenetics and small RNA biology (TErBio)

["TEYSSET Laure","CARRE Clément"]
["https://www.mobil-et.cnrs.fr/wp-content/uploads/2024/03/Laure-TEYSSET.jpg","https://www.mobil-et.cnrs.fr/wp-content/uploads/2024/03/Clement-CARRE.jpg"]

TEYSSET Laure

Epigénétique transgénérationnelle et biologie des petits ARN (TErBio)

Drosophila, Epigénétique, Plasticité génomique, piRNA, Modification de l'ARN, Petits ARN, ARNt cs_database cs_tools TEYSSET Laure ["TEYSSET Laure","CARRE Clément"] Epigénétique transgénérationnelle et biologie des petits ARN (TErBio) Notre équipe étudie la Biologie des ARN en particulier les petits ARN impliqués dans la régulation de l’expression des gènes et des Eléments Transposables (ET). Nous nous intéressons également aux modifications post-transcriptionnelle des ARN qui jouent un rôle fondamental sur leur biogenèse et leur devenir. Chez les métazoaires, il a été décrit trois types de petits ARNs dont la spécificité diffère en fonction de la protéine Argonaute avec laquelle ils interagissent : les microRNA (miRNA), les small interferring RNA (siRNA) et les PIWI interacting RNAs (piRNA). Les ET, présents dans tous les génomes, ont la capacité à transposer et à s’insérer pouvant ainsi provoquer des mutations délétères. Chez la Drosophile, ils sont réprimés par les piRNA dans les gonades et par les siRNA dans les tissus somatiques. Les projets de l’équipe ont pour objectif d’une part de mieux comprendre la dynamique (activation et évolution) des piRNA clusters des locus hétérochromatiques à partir desquels les piRNA sont maturés et d’autre part, à l’aide d’un crible fonctionnel, de caractériser des gènes impliqués dans la répression dépendante des siRNA et des piRNA, dont certains ont des homologues chez l’homme présentant des cibles thérapeutiques potentielles pour lutter contre les pathologies liées à l’invalidation de ces voies. Laboratoire de Biologie du Développement, Institut de Biologie Paris Seine (IBPS), CNRS UMR 7622, Sorbonne Université

Building C, Case 24, 5ème étage

9 quai Saint-Bernard

75252 PARIS Cedex 05 FRANCE

Epigénétique transgénérationnelle et biologie des petits ARN (TErBio)cs_databasecs_tools

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Plant biodiversity and Adaptation

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SABOT François

Dynamique de l’adaptation et Diversité des plantes

Assemblage, Bioinformatique, Evolution, NGS, Pangenomique, Variation structurale cs_database [{"name":"TrEMOLO Transposable Elements MOvement detection using LOng reads","url":"https://github.com/DrosophilaGenomeEvolution/TrEMOLO"},{"name":"BioGraph, Julia package for handle genome graph in the GFA format. It reads information from GFA input, extract simple bidirected graphs and find the longest linear path in those graphs","url":"https://github.com/nguyetdang/BioGraph.jl"},{"name": "CulebrONT, an open-source, scalable, modulable and traceable snakemake pipeline, able to launch multiple assembly tools in parallel and providing help for choosing the best possible assembly between all possibilities","url":"https://github.com/SouthGreenPlatform/CulebrONT_pipeline"},{"name":"LTRclassifier, an online tool to assign plant LTR retrotransposons to their Superfamily","url":" http://ltrclassifier.ird.fr/"}] SABOT François [] Dynamique de l’adaptation et Diversité des plantes Notre équipe étudie l’effet de l’anthropisation sur les plantes d’intérêt agronomiques et sauvages, en particulier dans les pays du Sud. Plus spécifiquement, nous étudions l’impact de cet effet sur la structure des génomes et des éléments transposables via une approche pangénomique. Cette approche permet d’appréhender les variations à l’échelle des populations, mais implique des méthodologies informatiques avancées : assemblage de génomes, mapping short reads/long reads, détections de variants, annotation de génomes, création de pangénomes et de graphes de pangénomes, linéarisation et visualisation de pangénomes, gestion des données massives, etc. Nos modèles sont principalement les riz asiatiques et africains, mais nous travaillons aussi en collaboration sur la drosophile, le moustique, le mil, les algues… Institut de la Recherche pour le Développement (IRD 232), Université de Montpellier

UMR DIADE

911 Avenue Agropolis BP 64501

34394 Montpellier Cedex 5

France

Dynamique de l’adaptation et Diversité des plantescs_database[{"name":"TrEMOLO Transposable Elements MOvement detection using LOng reads","url":"https://github.com/DrosophilaGenomeEvolution/TrEMOLO"},{"name":"BioGraph, Julia package for handle genome graph in the GFA format. It reads information from GFA input, extract simple bidirected graphs and find the longest linear path in those graphs","url":"https://github.com/nguyetdang/BioGraph.jl"},{"name": "CulebrONT, an open-source, scalable, modulable and traceable snakemake pipeline, able to launch multiple assembly tools in parallel and providing help for choosing the best possible assembly between all possibilities","url":"https://github.com/SouthGreenPlatform/CulebrONT_pipeline"},{"name":"LTRclassifier, an online tool to assign plant LTR retrotransposons to their Superfamily","url":" http://ltrclassifier.ird.fr/"}]

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Genome analysis

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QUESNEVILLE Hadi

Analyse des génomes

Annotation, Bioinformatique, Evolution cs_database [{"name":"Le package REPET : annotation des répétitions dans les génomes eucaryotes","url":"https://urgi.versailles.inra.fr/Tools/REPET"},{"name":"RepetDB : Une base de données d’éléments transposables eucaryotes","url":"https://urgi.versailles.inrae.fr/repetdb/"}] QUESNEVILLE Hadi [] Analyse des génomes Les éléments transposables (ET) sont des séquences d’ADN mobiles intragénomiques répétitives qui constituent un composant structurellement dynamique des génomes. Ils se sont avérés être les principaux contributeurs des mutations génomiques et l’un des composants quantitativement majeurs de leurs séquences (par exemple 90% du génome du blé). Il ne fait aucun doute que l’ADN génomique moderne a évolué en étroite association avec les ET, mais leur évolution à long terme et leurs effets systémiques sur l’hôte sont encore mal connus. Pour répondre à ces questions, nous développons à la fois des outils bioinformatiques et effectuons des analyses du génome pour explorer les séquences d’ADN à différentes échelles de temps, d’études pan-génomiques aux études paléogénomiques. Unité de Recherches en Génomique-Info, INRAE UR 1164

INRAE, Centre de recherche de Versailles, bat.18
RD10, Route de Saint Cyr
78026 Versailles Cedex, FRANCE

Analyse des génomescs_database[{"name":"Le package REPET : annotation des répétitions dans les génomes eucaryotes","url":"https://urgi.versailles.inra.fr/Tools/REPET"},{"name":"RepetDB : Une base de données d’éléments transposables eucaryotes","url":"https://urgi.versailles.inrae.fr/repetdb/"}]

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Mobility of pathogenic genomes and chromatin dynamics Retrotransposons and Genome Plasticity

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PARISSI Vincent

Mobilité des génomes pathogènes et dynamiques chromatiniennes (MobileVIR)

Biochimie, Imagerie cellulaire, Chromatine, VIH, Intégrases, Nucléosome, Rétrovirus, Structure/Fonction, Interactions virus-hôte cs_database cs_tools PARISSI Vincent [] Mobilité des génomes pathogènes et dynamiques chromatiniennes (MobileVIR) Les structures d’ADN et de chromatine, ou pseudochromatine, régulent de nombreux mécanismes biologiques et pathogènes tels que la mobilisation des intégrons bactériens ou l’intégration rétrovirale. Ces processus constituent une cible thérapeutique et des outils attractifs pour le transfert / thérapie génique. Notre équipe vise à comprendre ces mécanismes dans différents modèles d’éléments mobiles (infections virales, intégration / transposition procaryote, eucaryote et virale) en utilisant des approches complémentaires de biophysique, biochimie, biologie structurale / cellulaire et pharmacologie Laboratoire de Microbiologie Fondamentale et Pathogénicité (MFP), CNRS UMR 5234, Université de Bordeaux

MFP lab,

Université de Bordeaux

147 Rue Léo Saignat

33076

Bordeaux

France

Mobilité des génomes pathogènes et dynamiques chromatiniennes (MobileVIR)cs_databasecs_tools

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Mechanisms of Adaptation and Genome Organization

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PANAUD Olivier

Mécanismes d’Adaptatio et Organisation du Génome (MANGO)

Bioinformatique, Evolution, Génomique, NGS, Génomique des populations, Rétrotransposons, Variation structurale cs_database cs_tools PANAUD Olivier [] Mécanismes d’Adaptatio et Organisation du Génome (MANGO) Les activités de recherche du groupe portent principalement sur la structure, l’évolution et la fonction des génomes d’espèces sauvages et cultivées du genre Oryza (riz), en particulier l’impact des éléments transposables (ET) et de la duplication du génome. Nos études antérieures sur les rétrotransposons à LTR, nous ont conduit à proposer un modèle pour l’évolution des génomes des plantes (Vitte et Panaud, 2005) dans lequel deux forces contraires, l’expansion par la rétrotransposition (Piegu et al., 2006) et la contraction par recombinaison ou par la délétion (Vitte et al., 2007 ; Vitte and Panaud, 2003), sont responsables de la variation de la taille du génome. Nous avons participé à l’annotation de rétrotransposons à LTR dans le génome du riz dans le « Rice Annotation Project » (RAP3) et nous avons créé une base de données rétrotransposons à LTR pou le riz, disponible à www.retroryza.org (Chaparro et al., 2007). Notre projets actuels portent sur des études fonctionnelles des TE dans le génome du riz et sur l’utilisation des techniques de séquençage de nouvelle génération suivante afin de comprendre la dynamique du génome à court terme par analyse de la mobilité des TE chez le riz (Sabot, Picault, et al., 2011). L’importance de la duplication du génome a été mis en évidence par l’analyse du génome des espèces modèles, Arabidopsis thaliana et Oryza sativa. Plusieurs mécanismes impliqués dans l’évolution du génome après duplication (le réarrangement de grande envergure (Blanc et al. 2000), la diploïdisation, les fusion imbriqués de chromosomes (Salse et al. 2008) et l’activité des TE) ont été caractérisés. Nous avons récemment décrit l’importance de la conversion génique récurrent à grande échelle dans l’évolution des espèces du genre Oryza (Jacquemin et al. 2009). Les travaux futurs concerne l’application d’outils communs pour élucider les mécanismes conservés et spécifiques impliqués dans l’évolution des génomes des animaux et des plantes. Laboratoire Génome et Développement des Plantes (LGDP), CNRS UMR5096, Université Perpignan Via domitia

52 avenue Paul alduy

Université de Perpignan Via Domitia

66860 Perpignan cedex

Mécanismes d’Adaptatio et Organisation du Génome (MANGO)cs_databasecs_tools

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Cellular Biology of Archaea

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OBERTO Jacques

Biologie Cellulaire des Archées

Archées, Recombinaison homologue, Intégrases, Eléments conjugués intégratifs, Procaryotes cs_database cs_tools OBERTO Jacques [] Biologie Cellulaire des Archées Nous étudions l’évolution de l’information génétique chez les archées de l’ordre des Thermococcales. Ces organismes anaérobies hyperthermophiles évoluent rapidement, ce qui semble être lié aux conditions particulières de leur habitat constitué de fumeurs noirs au fond de l’océan. Nous observons l’impact des éléments mobiles (plasmides et virus) dans cette évolution. Plusieurs nouveaux plasmides et souches d’archées les contenant ont été caractérisés au laboratoire. Avec la mise en place d’une plateforme dédiée à la culture des anaérobies hyperthermophiles, nous sommes en mesure de reproduire les conditions idéales pour la culture de ces archées extrêmophiles au laboratoire. Nous développons la génétique des Thermococcales avec l’organisme modèle Thermococcus kodakarensis. Nous développons, en parallèle, des analyses bioinformatiques in silico de ces génomes procaryotiques à travers le déploiement d’une suite de services web dédiés. L’étude de la dynamique et du maintien de cette information génétique est également poursuivie par la caractérisation de nouvelles enzymes qui effectuent des transactions de l’ADN. Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), CNRS UMR 9198, CEA, Université Paris-Saclay

1, rue de la Terrasse, Bât 12

91198 Gif-sur-Yvette Cedex

France

Biologie Cellulaire des Archéescs_databasecs_tools

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Epigenetic Chromatin Regulation

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MOCHIZUKI Kazufumi

Régulation épigénétique de la chromatine

Ciliés, Epigénétique, Plasticité génomique, Hétérochromatine, Petits ARN, Tetrahymena, Transposons cs_database cs_tools MOCHIZUKI Kazufumi [] Régulation épigénétique de la chromatine La répression transcriptionnelle médiée par des petits ARN non codants est un processus fondamental observé chez de nombreux eucaryotes, comme les champignons, les plantes, les mouches, les vers ou les mammifères. L’un de leurs rôles connus est de neutraliser l’activité des éléments transposables (TE), qui sinon peuvent déstabiliser leur génome-hôte et causer diverses maladies. Les petits ARN utilisent leur complémentarité de base avec les TE pour les éteindre spécifiquement. Cependant, la façon dont les cellules assurent la répression de ces derniers sans déranger l’expressions d’autres gènes est encore relativement incomprise. Le cillié Tetrahymena identifie les séquences dérivées de TE par un mécanisme de comparaison des génomes germinal et somatique, médié par de petits ARN lors d’une élimination programmée de l’ADN, fournissant des exemples fascinants de régulation épigénetique du génome, ainsi que d’importants renseignements sur l’interaction entre TE et génomes-hôtes. Parce que l’élimination programmée de l’ADN peut être induite de façon synchrone et à grande échelle en laboratoire, elle se trouve être un modèle très utile à l’étude génétique et biochimique de la régulation de la chromatine par petits ARN. À l’aide de ce protozoaire, nous cherchons à comprendre comment les cellules accumulent de façon spécifique de petits ARN à partir de séquences apparentées aux TE; comment les cellules utilisent ces petits ARN pour identifier ces séquences de type TE; et comment une voie de petits ARN établit un environnement de chromatine inhibée (hétérochromatine) sur des séquences apparentées aux TE. Institut de Génétique Humaine (IGH), CNRS UMR 9002, Université de Montpellier

141 rue de la Cardonille

34396 Montpellier Cedex 5

France

Régulation épigénétique de la chromatinecs_databasecs_tools

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Programmed genome rearrangements in ciliates

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Meyer Eric

Réarrangements programmés du génome chez les ciliés

Ciliés, Cooptation, Génomique comparative, Domestication, Epigénétique, Evolution, IES, Paramécie, RNAi, Excision somatique, Spéciation [{"name":"ParameciumDB, a database for Paramecium species","url":"https://paramecium.i2bc.paris-saclay.fr/"}] cs_tools Meyer Eric [] Réarrangements programmés du génome chez les ciliés Les ciliés sont des eucaryotes unicellulaires qui ont une manière radicale de contrôler les éléments transposables (ET), dépendant de leur dimorphisme nucléaire caractéristique. Dans le micronoyau germinal, qui ne sert qu’à la méiose pendant les événements sexuels, les ET sont maintenus inactifs par l’absence totale d’expression des gènes. Au cours du développement du macronoyau somatique polyploïde, où les gènes sont exprimés, des réarrangements programmés du génome éliminent toutes les copies d’ET, et de nombreuses reliques simples-copies d’insertions anciennes sont précisément excisées des gènes cellulaires. Notre équipe utilise l’espèce modèle Paramecium tetraurelia pour étudier les mécanismes de ces réarrangements et le contrôle épigénétique de leur spécificité. Ce dernier implique une classe de petits ARN qui réalisent une soustraction génomique entre noyaux germinaux et somatiques pendant la méiose, permettant ensuite au zygote de reproduire les délétions faites à la génération précédente dans le clone parental. Ce processus homologie-dépendant est essentiel pour l’élimination des ET et de leurs reliques simples-copies les plus récentes, mais n’est plus requis pour les plus anciennes, qui semblent dépendre d’autres mécanismes inconnus pour leur reconnaissance. Ceux-ci sont l’objet d’un projet collaboratif utilisant la génomique comparative d’espèce jumelles pour reconstruire l’histoire évolutive des insertions d’ET dans le génome germinal, leur dégénérescence en copies uniques, et les transitions associées dans les mécanismes de défense qui assurent la reconnaissance continue des insertions parasites malgré leur vieillissement. La génomique comparative renforce également nos études de (i) la domestication de gènes d’ET par l’hôte, impliqués en particulier dans l’élimination d’ADN, et (ii) la co-optation de la machinerie d’excision pour cibler des gènes cellulaires, plutôt que les ET et séquences dérivées, à des fins de régulation: tel est le cas des gènes impliqués dans la détermination du type sexuel, où des réarrangements alternatifs similaires ont évolué indépendamment dans différentes espèces. Institut de Biologie de l’Ecole Normale Supérieure (IBENS), CNRS UMR 8197, Inserm U1024

46, rue d’Ulm

75005 Paris

France

Réarrangements programmés du génome chez les ciliés[{"name":"ParameciumDB, a database for Paramecium species","url":"https://paramecium.i2bc.paris-saclay.fr/"}]cs_tools

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Environmental Microbiology

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MERLIN Christophe

Microbiologie Environnementale

Resistance aux antibiotiques, Ecologie, Transfert horizontal, Régulation cs_database cs_tools MERLIN Christophe [] Microbiologie Environnementale Les éléments génétiques mobiles sont largement impliqués dans la dissémination de gènes de résistance aux antibiotiques où ils contribuent globalement à l’adaptation bactérienne aux antimicrobiens. La sélection exercée par les antibiotiques sur des bactéries résistantes explique en partie le succès écologique des éléments génétiques mobiles et des leurs gènes de résistance associés, mais leur comportement dans les environnements naturels complexes reste à élucider. Pour partie, notre équipe étudie le comportement des éléments génétiques mobiles dans l’environnement et vise à (i) déterminer leurs voies de dissémination dans les communautés microbiennes environnementales, (ii) identifier comment ils passent les procédés de traitement tels que les stations d’épuration, (iii) identifier leurs hôtes intermédiaires, et (iv) caractériser les paramètres naturels favorisant leur dissémination. Cette dernière partie implique de comprendre leur régulation et la manière dont certains polluants, y compris les antibiotiques eux-mêmes, interfèrent avec l’expression de leurs fonctions de mobilité. Laboratoire de Chimie Physique et Microbiologie pour les Matériaux et l’Environnement (LCPME), CNRS UMR 7564, Université de Lorraine

Campus Brabois Santé

Bâtiment AB – 3ème étage

9 avenue de la Forêt de Haye – BP 20199

54505 VANDOEUVRE les NANCY Cedex

France

Microbiologie Environnementalecs_databasecs_tools

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Bacterial Genome Plasticity

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MAZEL Didier

Plasticité du génome bactérien

Conjugaison, Séquence d'insertion, Integron, Plasmides, Procaryotes, Tyrosine recombinase cs_database cs_tools MAZEL Didier [] Plasticité du génome bactérien Nous travaillons à la détermination des propriétés adaptative des integrons et de leurs cassettes, ainsi qu’à la compréhension des réactions de recombinaison spécifiques et les partenaires impliqués chez ces éléments génétiques mobiles. Ce modèle nous permet d’adresser un certain nombre de questions fondamentales sur les compromis évolutifs mis en place entre mobilité et stabilité pour assurer les réponses adaptatives les plus efficaces. Nous nous intéressons aussi à la connexion entre transferts génétiques horizontaux et réponse au stress chez les bactéries à Gram négative. Enfin, nous essayons de déterminer les règles d’organisation des génomes des Vibrio, qui ont deux chromosomes circulaires. Institut Pasteur, CNRS UMR 3525, Sorbonne Université

28 rue du Dr Roux

75015 Paris

France

Plasticité du génome bactériencs_databasecs_tools

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Silent – Silencing & Transposons

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MATHIEU Olivier

Silent – Silencing & Transposons

Arabidopsis, DNA methylation, Epigénétique, Génomique, Histone, Plante, Silencing cs_database cs_tools MATHIEU Olivier [] Silent – Silencing & Transposons Le silencing des gènes fait référence à divers mécanismes de répression, qui sont épigénétiques par nature et n’impliquent pas de changements dans la séquence de la molécule d’ADN. Chez les plantes et les animaux, le silencing est étroitement associé à diverses modifications épigénétiques de la chromatine, notamment la méthylation de l’ADN et certaines modifications post-traductionnelles des protéines histones. Le silencing ne cible pas uniquement l’ADN exogène entrant dans le génome, mais également des séquences génomiques endogènes, telles que certains gènes codant des protéines et la plupart des éléments transposables. Le silencing est donc essentiel à l’expression correcte des gènes et à la stabilité du génome. Nous combinons des approches génétiques et génomiques pour comprendre les bases moléculaires du silencing. Institut Génétique Reproduction et Développement (iGReD), CNRS UMR 6293, Inserm U1103, Université Clermont Auvergne

UFR de Médecine

28 place Henri Dunant

TSA 50400

63001 Clermont-Ferrand Cedex France

Silent – Silencing & Transposonscs_databasecs_tools

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Genome Biology, from Mobile DNA to Chromosome Dynamics

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LESAGE Pascale

Génome Biologie, de l’ADN mobile à la dynamique des chromosomes

Génomique comparative, Plasticité génomique, Rétrotransposons, Ty1, Levure cs_database cs_tools LESAGE Pascale [] Génome Biologie, de l’ADN mobile à la dynamique des chromosomes Les éléments transposables (ETs) sont des composants majeurs des génomes eucaryotes. Ils ont des effets délétères à court terme en raison de leur mobilité et de leur présence en multi-copies, qui entraînent une instabilité génomique, notamment dans les cellules vieillissantes ou cancéreuses. Les ETs jouent également un rôle dans l’évolution du génome en modifiant les fonctions de l’hôte, leurs phénotypes et la régulation des gènes, et peuvent contribuer à l’adaptation à long terme des organismes à différents environnements. Un déterminant essentiel du devenir d’un ET et de son impact sur le génome est son site d’intégration initiale dans le génome. D’autre part, la transcription des TE est déréprimée dans les cellules stressées de levure et dans les cellules malignes chez l’homme, où des réarrangements chromosomiques se produisent également. Notre équipe étudie les mécanismes moléculaires à la base de l’intégration préférentielle des ETs et exploree comment la transcription déréprimée des ETs dans des conditions de stress compromet la stabilité du génome. Nous abordons ces questions chez la levure S. cerevisiae avec le rétrotransposon Ty1, qui cible son intégration en amont des gènes transcrits par Pol III. Nous combinons des approches classiques de génétique moléculaire avec des approches génomiques et de la microscopie à cellule unique. Inserm U944, CNRS UMR7212, Université de Paris, Institut de Recherche Saint Louis (IRSL)

1 avenue Claude Vellefaux

75475 Paris Cedex 10 FRANCE

Génome Biologie, de l’ADN mobile à la dynamique des chromosomescs_databasecs_tools

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Bioinformatics, Phylogeny and Evolutionary Genomics

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LERAT Emmanuelle

Bioinformatique, Phylogénie et Génomique Evolutive

Bioinformatique, Génomique Computationnelle, Evolution, Phylogénomique, Génomique des populations, Inférence statistique [] [{"name":"Retrotransposon-spread, tool for parameter evaluation of LTR retrotransposon propagation in a genome","url":"https://github.com/SergeMOULIN/retrotransposons-spread"},{"name":"One code to find them all, tool for the parsing and analysis of Repeat-Masker output files","url":"http://doua.prabi.fr/software/one-code-to-find-them-all"},{"name":"Htdetect, too for the detection of horizontal transfers by comparative analysis of complete genomes","url":"https://github.com/l-modolo/htdetect"},{"name":"TEtools, tool for the analysis of RNAseq and small-RNAseq data to study the expression of TEs","url":"https://github.com/l-modolo/Tetools"}] LERAT Emmanuelle [] Bioinformatique, Phylogénie et Génomique Evolutive Notre groupe se concentre sur deux axes principaux: la phylogénomique (c’est-à-dire l’inférence de l’histoire évolutive basée sur des données génomiques) et la génomique évolutive (comprendre les processus moléculaires et démographiques qui conduisent l’évolution du génome). Nos travaux s’appuient fortement sur les développements méthodologiques (bioinformatique, modélisation et inférence statistique). Les génomes sont le résultat d’un processus évolutif à long terme, façonné par de multiples forces évolutives. Certaines caractéristiques génomiques sont adaptatives (bénéfiques pour la fitness des organismes), d’autres résultent de processus non adaptatifs (dérive et conversion génique biaisée – BGC) ou sont causées par des conflits entre plusieurs niveaux de sélection (par exemple la propagation d’éléments génétiques égoïstes). Nous explorons différents aspects de l’architecture du génome (paysages de composition en bases, structure et taille du génome, impact des éléments transposables (ET)) ou de son fonctionnement (expression génique, lncRNA, paysages épigénétiques), et essayons d’élucider la contribution relative des processus adaptatifs et non-adaptatifs à leur évolution. Pour cela, nous considérons à la fois les mécanismes moléculaires et les processus populationnels qui façonnent la variation génétique. Laboratoire Biométrie et Biologie Evolutive (LBBE), CNRS UMR 5558, Université Lyon 1

Université Claude Bernard – Lyon 1

UMR-CNRS 5558 – Bat. Mendel

43 bd du 11 novembre 1918

69622 Villeurbanne cedex

France

Bioinformatique, Phylogénie et Génomique Evolutive[][{"name":"Retrotransposon-spread, tool for parameter evaluation of LTR retrotransposon propagation in a genome","url":"https://github.com/SergeMOULIN/retrotransposons-spread"},{"name":"One code to find them all, tool for the parsing and analysis of Repeat-Masker output files","url":"http://doua.prabi.fr/software/one-code-to-find-them-all"},{"name":"Htdetect, too for the detection of horizontal transfers by comparative analysis of complete genomes","url":"https://github.com/l-modolo/htdetect"},{"name":"TEtools, tool for the analysis of RNAseq and small-RNAseq data to study the expression of TEs","url":"https://github.com/l-modolo/Tetools"}]

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Evolution and Genomics of Plants pathogen Interactions

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LEBRUN Marc-Henri

Evolution et Génomique des Interactions entre champignons et Plantes (EGIP)

Champignon, Mariner, Mutagénèse, Plante, Variation structurale, Zymoseptoria tritici cs_database cs_tools LEBRUN Marc-Henri [] Evolution et Génomique des Interactions entre champignons et Plantes (EGIP) Nous utilisons les transposons comme outils de mutagénèse insertionnelle chez les champignons. Le transposon TC1-mariner impala du champignon Fusarium oxysposrum, a été introduit chez le champignon pathogène du blé Zymoseptoria tritici. Un vecteur contenant une copie autonome d’impala insérée dans le 5’UTR du gène d’A. nidulans codant une nitrate réductase, a été utilisé pour sélectionner des révertants capables d’utiliser le nitrate (Nia+). La plupart des révertants Nia+ de Z. tritici (80%) possèdent une copie d’impala insérée à un nouveau locus génomique. impala s’insère principalement dans les gènes (85%) à côté des sites d’initiation de la transcription (SIT, 50%). impala s’insère à faible fréquence dans les transposons natifs (1%) et les régions inter-géniques (14%). Nous avons émis l’hypothèse que l’insertion d’impala est influencée par l’état chromatinien du locus accepteur. Ainsi, l’inhibition des histone dé-acétylases de Z. tritici par la trichostatin qui conduit à l’ouverture de la chromatine, augmente la fréquence d’insertion d’impala dans les transposons natifs d’un facteur 5. La trichostatin change aussi le profil d’insertion d’impala dans les gènes (insertions dans les exons/introns x 1,5). Ces expériences suggèrent qu’impala s’insère préférentiellement à côté des TSS à cause de leur état chromatinien particulier. Cette propriété d’impala a été exploitée pour développer la mutagénèse par activation chez les champignons. Une copie modifiée d’impala contenant un promoteur constitutif fort (pGpd) a été inséré dans le 5’UTR du gène d’A. nidulans codant une nitrate réductase. Ce transposon chimère impala:Gpd transposon est capable de s’exciser et de se réinsérer dans le génome de Z. tritici. impala:Gpd s’insère préférentiellement dans les 5’UTRs et les promoteurs de Z. tritici, comme la copie native d’impala. Nous utilisons les collections de révertants d’impala (natif, activation de gènes) pour cribler des mutants de pathogénicité et identifier de nouveaux gènes impliqués dans le processus infectieux de Z. tritici. Biologie et Gestion des Risques en agriculture (BIOGER), INRAE UMR 1290, Université Paris-Saclay, AgroParisTech

Campus AgroParisTech, Avenue Louis Bretignières,

78850, Thiverval-Grignon, France

Evolution et Génomique des Interactions entre champignons et Plantes (EGIP)cs_databasecs_tools

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ICE : Transfer & Adaptation (ICE-TeA)

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LEBLOND-BOURGET Nathalie

ICE : Transfert & Adaptation (ICE-TeA)

Accrétion, Resistance aux antibiotiques, Conjugaison, Evolution, Fimicutes, Transfert horizontal, ICEs, IMEs, Procaryotes, Relaxase, Système de sécrétion de type IV cs_database [{"name":"ICEscreen is a bioinformatic pipeline for the detection and annotation of ICEs (Integrative and Conjugative Elements) and IMEs (Integrative and Mobilizable Elements) in Bacillota genomes.","url":"https://forgemia.inra.fr/ices_imes_analysis/icescreen"}] LEBLOND-BOURGET Nathalie [] ICE : Transfert & Adaptation (ICE-TeA) Notre équipe étudie des éléments génétiques mobiles bactériens qui sont chromosomiques mais capables de s’exciser sous forme circulaire et de se transférer par conjugaison vers d’autres bactéries. Ces éléments appelés Eléments Intégratifs Conjugatifs (ICE) ou Transposons Conjugatifs participent aux transferts horizontaux de gènes (résistance aux antimicrobiens, virulence, réponse au stress…) et à l’évolution du génome chez les bactéries par plusieurs mécanismes : (i) par leur transfert autonome par conjugaison, (ii) par mobilisation en cis d’éléments génétiques bordés de sites de recombinaison fonctionnels, (iii) par mobilisation en trans d’éléments excisables mais non autonomes pour leur transfert par conjugaison (Eléments Intégratifs Mobilisables ou IME) et (iv) par transfert de type Hfr de longs fragments du chromosome. Nos études portent essentiellement sur les Firmicutes et combinent des approches expérimentales (expériences de conjugaison et mobilisation de gènes, caractérisation biochimique des acteurs de la machinerie de conjugaison…) et de bioinformatique (annotation de génomes, outil de détection d’éléments dans les génomes ICE/IME-screen). Dynamique des Génomes et Adaptation Microbienne (DynAMic), UMR1128, Université de Lorraine

Faculté des Sciences et Technologies

Bd des Aiguillettes BP70239

54506 Vandœuvre-lès-Nancy

ICE : Transfert & Adaptation (ICE-TeA)cs_database[{"name":"ICEscreen is a bioinformatic pipeline for the detection and annotation of ICEs (Integrative and Conjugative Elements) and IMEs (Integrative and Mobilizable Elements) in Bacillota genomes.","url":"https://forgemia.inra.fr/ices_imes_analysis/icescreen"}]

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Viral Replication and Nucleic Acid – Protein Interactions

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LAVIGNE Marc

Réplication Virale et Interactions entre acides nucléiques et protéines

Chromatine, VIH, SARS-CoV-2, Topoisomérase, Transcription, Interactions virus-hôte cs_database cs_tools LAVIGNE Marc [] Réplication Virale et Interactions entre acides nucléiques et protéines Nous étudions la réplication des virus VIH-1 et SARS-CoV-2, par des approches biochimiques, cellulaires et génomiques. Les éléments et mécanismes identifiés devraient permettre de proposer de nouvelles stratégies antivirales. Deux paramètres de la réplication du VIH-1 sont étudiés : l’environnement tridimensionnel de la chromatine autour des copies virales intégrées et les ADN topoisomérases des cellules infectées. Une attention particulière est portée à l’expression des provirus intégrés et à la répression de cette expression au cours de la latence virale. Dans le cadre de ces études, nous avons participé au développement de nouveaux outils de HiC/CaptureC permettant de caractériser l’environnement chromatinien de différents génomes viraux (Moreau et al., 2018). Nous avons également découvert un rôle inattendu de l’ADN topoisoimerase 1 dans la répression de la transcription du VIH-1, cette répression nécessitant une interaction directe entre cette enzyme et des quadruplexes de guanines (G4) présents sur le promoteur viral (Lista et al., en révision). En 2020, nous avons démarré l’étude de l’interaction entre la protéine Nsp3 de SARS-CoV-2 et des G4s cellulaires. Cette étude, nous a permis de démontrer et caractériser in vitro l’interaction entre le domaine SUD (SARS Unique Domain) d’Nsp3 de SARS-CoV-2 et différentes structures G4s (Lavigne et al., en révision). De manière intéressante, des ligands de G4 inhibent l’interaction SUD/G4 et possèdent une activité anti-SARS-CoV-2. Ce projet est poursuivi par une étude biochimique, structurale et fonctionnelle de cette interaction et par la recherche de nouvelles molécules antivirales ciblant cette interaction. Compte-tenu du rôle de SUD dans la réplication des virus SARS-CoV et SARS-CoV-2, ces molécules ont un fort potentiel thérapeutique (brevet européen 20306606.3). Nos projets bénéficient de collaborations précieuses avec différentes équipes (R. Koszul, Y. Pommier, H. Munier-Lehmann, P. England, JL. Mergny, MP. Teulade-Fichou, J. Guillon, G. Pratviel) et de financements par l’I. Pasteur, l’ANRS, Sidaction et l’ANR. Institut Pasteur

Dpt de Virologie

Bat. Duclaux, 1^er étage

28, rue du Dr Roux

75015 Paris, France

Réplication Virale et Interactions entre acides nucléiques et protéinescs_databasecs_tools

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RESINFIT. Antimicrobials molecular determinants of resistances and therapeutic innovations

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JOVE Thomas

Anti-Infectieux : supports moléculaires des résistances et innovations thérapeutiques (RESINFIT)

Adaptation, Epigénétique, Exaptation, Plante, Répression, Réponse au stress cs_database [{"name":"INTEGRALL: a freely available tool developed in order to provide an easy access to integron’s DNA sequences and genetic arrangements.","url":"http://integrall.bio.ua.pt/"}] JOVE Thomas [] Anti-Infectieux : supports moléculaires des résistances et innovations thérapeutiques (RESINFIT) L’UMR1092 RESINFIT s’intéresse au rôle des éléments génétiques mobiles dans la dissémination des gènes de résistance aux antibiotiques au sein des communautés bactériennes. Nos deux modèles d’études sont les intégrons et les séquences d’insertions de type ISCR. Les intégrons sont des systèmes naturels de génie génétique capables d’intégrer des gènes de résistance sous forme de cassettes et de promouvoir l’expression de leurs gènes. Les ISCR sont des séquences d’insertions apparentées aux IS de la famille IS91 (et aux hélitrons des organismes eucaryotes), fréquemment associés à des gènes de résistance aux antibiotiques, mais très peu caractérisées. Nous nous intéressons à l’épidémiologie, la diversité, la mobilité, la régulation et l’évolution de ces éléments chez plusieurs organismes bactériens et dans l’environnement. L’objectif de ces recherches est de mieux comprendre l’émergence de bactéries multirésistantes pour trouver un moyen de l’enrayer. Centre de Biologie et Recherche en Santé (CBRS), Inserm UMR1092, Université de Limoges

Faculté de médecine de Limoges

2 rue du Dr Marcland
87 025 Limoges Cedex

Anti-Infectieux : supports moléculaires des résistances et innovations thérapeutiques (RESINFIT)cs_database[{"name":"INTEGRALL: a freely available tool developed in order to provide an easy access to integron’s DNA sequences and genetic arrangements.","url":"http://integrall.bio.ua.pt/"}]

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Epigenetic mechanisms and chromatin architecture

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MOISSARD Guillaume

Mécanismes épigénétiques et architecture de la chromatine (MEAC)

Adaptation, Epigénétique, Exaptation, Plante, Répression, Réponse au stress cs_database cs_tools MOISSARD Guillaume [] Mécanismes épigénétiques et architecture de la chromatine (MEAC) Notre équipe s’intéresse aux mécanismes cellulaires et moléculaires régulant transcriptionnellement l’expression des gènes et réprimant les éléments d’ADN répétés tels que les éléments transposables (TEs) chez les plantes. Les TEs ont une place centrale dans notre recherche. D’une part, nous étudions les processus épigénétiques impliqués dans la répression des TEs. D’autre part, nous nous intéressons au phénomène de domestication de gènes de TEs par la plante, aussi connu sous le nom d’« exaptation de gène de TEs, ETEs » ou co-option. En outre, nous étudions les variants structuraux et les isoformes de gènes impliquant des séquences de type TEs. Finalement, certains aspects de notre recherche se place dans un contexte de réponse aux stress environnementaux tels que la chaleur afin de mieux comprendre les processus épigénétiques et le rôle des TEs dans les phénomènes d’adaptation des plantes. Pour décortiquer ces processus moléculaires complexes, nous utilisons des approches de génétique directe et inverse combinées à des études épigénétiques, protéomiques, biochimiques et microscopiques. En parallèle, nous développons des approches NGS short et long read (Illumina et Oxford Nanopore Technologies) permettant de générer de gros jeux de données afin de répondre à des problématiques de génomiques (SNP calling, bisulfite sequencing, ChIP-seq, structural variants) ou transcriptomiques (RNA-seq, Oxford Nanopore Direct RNA Sequencing (ONT-DRS). Laboratoire génome et développement des plantes (LGDP), CNRS UMR 5096, Université de Perpignan Via Domitia (UPVD)

Université de Perpignan Bât T

58 Avenue Paul Alduy

66860 PERPIGNAN Cédex France

Mécanismes épigénétiques et architecture de la chromatine (MEAC)cs_databasecs_tools

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Plant Quantitative Genomics and Epigenomics

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QUADRANA Leandro

Génomique et épigénomique quantitative des plantes

Bioinformatique, Epigénétique, Plante, Génomique des populations, Génétique quantitative cs_database [{"name":"SPLITREADER is a bioinformatic pipeline dedicated to the discovery of non-reference TE insertions with Target Site Duplications (TSDs)","url":"https://github.com/LeanQ/SPLITREADER"}] QUADRANA Leandro [] Génomique et épigénomique quantitative des plantes Dans le laboratoire de génomique quantitative et d’épigénomique des plantes, nous étudions comment des nouvelles variations génétiques et épigénétiques sont amenées et contribuent aux changements phénotypiques héritables. En particulier, nous explorons le rôle potentiel des (épi)mutations générées par les insertions d’éléments transposables, dans l’adaptation rapide des populations à des changements environnementaux drastiques, tels que le changement climatique en cours. Nous utilisons des approches moléculaires, génétiques et computationnelles pour caractériser de très grandes populations de plantes expérimentales et sauvages. Institut of Plant Science Paris-Saclay (IPS2), UMR CNRS 9213, INRAE 1403, Université Paris Saclay, Université Evry Val d'Essonne, Université Paris Diderot

Bâtiment 630, Avenue des Sciences
Plateau du Moulon

91190 – Gif-sur-Yvette

Génomique et épigénomique quantitative des plantescs_database[{"name":"SPLITREADER is a bioinformatic pipeline dedicated to the discovery of non-reference TE insertions with Target Site Duplications (TSDs)","url":"https://github.com/LeanQ/SPLITREADER"}]

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Evolution and Development of Germ Cells

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HUYNH Jean-René

Evolution et Développement des Cellules Germinales

Lignée germinale, Méiose, piRNA, Transposons, ARNt cs_database cs_tools HUYNH Jean-René [] Evolution et Développement des Cellules Germinales Les éléments transposables (ETs) représentent plus de la moitié de notre génome et induisent des dommages à l’ADN quand ils sont actifs. Récemment, il a été découvert un système immunitaire adaptatif, qui protège le génome contre ces menaces. Ce système immunitaire du génome fait appel à de petits ARNs non-codant, comme les piRNAs, qui ciblent d’autres ARNs par complémentarité de séquences. Les piRNAs sont produits par des loci génétiques appelés « piRNAs cluster », qui constituent la mémoire de cette immunité. Notre objectif global est de comprendre comment ce système immunitaire est capable d’évoluer et de s’adapter à de nouvelles menaces, tout en ne ciblant pas les gènes endogènes par auto-immunité. Notre hypothèse principale est que des fragments de tRNAs (tRFs) et les loci tDNA produisant ces fragments jouent un rôle majeur dans l’adaptabilité de ce système de défense à court et long terme. Nous nous focalisons sur une fenêtre de temps permettant cette plasticité, que nous avons appelé la « pilp » (piwilesspocket). Notre premier objectif est de caractériser les tRFs et piRNAs produits dans la pilp, et de comprendre comment piRNAs et tRFs coopèrent pour réguler la répression des ETs dans la pilp. Notre deuxième objectif est de tester si les loci producteur de tRFs peuvent aussi induire la formation de piRNA clusters, et de caractériser les facteurs agissant en cis et trans, permettant l’activation de ces piRNA clusters. Center for Interdisciplinary Research in Biology (CIRB), Collège de France, CNRS UMR 7241, Inserm U1050, Université Paris Sciences & Lettres (PSL)

11 place Marcelin Berthelot

F-75005 Paris, France

Evolution et Développement des Cellules Germinalescs_databasecs_tools

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Genomes and Evolution

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HUA-VAN Aurélie

Génomes et Evolution

Bioinformatique, Drosophila, Evolution, Génomique, Transfert horizontal, Mariner, NGS cs_database cs_tools HUA-VAN Aurélie [] Génomes et Evolution Les éléments transposables sont des séquences d’ADN considérés comme des parasites génomiques. Ils ont la faculté de se multiplier plus vite que le génome qui les portent et peuvent ainsi se répandre dans les génomes et dans les populations. La nature mobile et répétée des éléments transposables fait qu’ils ont des conséquences délétères (insertion dans des gènes, recombinaison ectopique). Des insertions peuvent cependant apporter un avantage pour l’organisme et se retrouver domestiquées. Ils sont ainsi à l’origine de plusieurs innovations évolutives. Les éléments transposables participent donc à la dynamique et l’évolution du génome. L’amplification non contrôlée des éléments transposables conduit à une augmentation exponentielle du nombre de copies. Pour éviter cette situation défavorable pour le génome, il existe des mécanismes de régulations permettant de rendre ces éléments silencieux. Chez la drosophile et d’autres métazoaires, le système de régulation en lignées germinale (PIWI Pathway), fait intervenir des petits ARN complémentaires des séquences d’éléments transposables, qui vont réprimer de manière spécifique, transcriptionnelle ou post-transcriptionnelle, les éléments transposables. Ces petits ARNs sont issus de locus génomiques où s’accumulent des séquences d’éléments transposables. Par ailleurs, les éléments transposables, qui n’ont pas de fonction dans la cellule, peuvent accumuler des mutations qui ne sont pas contre-sélectionnées, et ils finissent donc par devenir inactifs, sous forme de reliques. La persistance d’éléments actifs dans les génomes est liée à leur capacité à franchir la barrière d’espèces via des évènements de transferts horizontaux. Dans l’équipe, nous nous intéressons à l’évolution (moléculaire) des familles d’éléments transposables dans les populations, à leur dynamique d’amplification, et aux paramètres qui influencent la probabilité de transferts horizontaux entre espèces. Nos approches sont expérimentales (modèles drosophile, insectes, amphibiens), bioinformatiques, et théoriques. Laboratoire Evolution Génomes, Comportement, Ecologie (EGCE), CNRS UMR 9191, IRD UMR247, Université Paris-Saclay

1 avenue de la Terrasse

91198 Gif-sur-Yvette Cedex

France

Génomes et Evolutioncs_databasecs_tools

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Louvain Institute of Biomolecular Science and Technology – Team Hallet

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HALLET Bernard

Louvain Institute of Biomolecular Science and Technology – groupe Hallet

Resistance aux antibiotiques, Procaryotes, Variation structurale, Transposase, Transposons cs_database cs_tools HALLET Bernard [] Louvain Institute of Biomolecular Science and Technology – groupe Hallet Le transposon bactérien Tn4430 appartient à une famille de transposons fort répandue, la famille de Tn3, largement impliquée dans l’émergence et la dissémination des résistances aux antibiotiques. Malgré cela, les mécanismes moléculaires qui contrôlent la mobilité de ces éléments étaient jusqu’ici mal compris. Nous avons récemment réalisé plusieurs percées dans la compréhension de ces mécanismes, faisant de Tn4430 le paradigme de la famille de Tn3. (I) Pour la première fois, nous sommes parvenus à reproduire les étapes clefs de la transposition in vitro ce qui a permis d’étudier l’assemblage du complexe de transposition et son activation. (II) Grâce à des données génétiques complémentaires, cette étude a également mis en évidence une interaction inattendue entre la transposition et la réplication de l’ADN. Les données convergent vers un nouveau modèle de transposition réplicative appelé « replisome hijacking » suivant lequel les transposons de la famille de Tn3 s’intègrent dans les intermédiaires de réplication et/ou de réparation de l’ADN afin de recruter la machinerie de réplication en cours de processus. (III) Enfin, nous avons récemment pu construire les premiers modèles tridimensionnels du complexe de transposition grâce à des données microscopie cryogénique de haute résolution (cryo-EM) ce qui permet à présent de d’aborder le mécanisme transposition à l’échelle atomique. Louvain Institute of Biomolecular Science and Technology (LIBST), Université Catholique de Louvain (UCL)

Place Croix du Sud, 4/5 L7.07.06

B-1348, Louvain-La-Neuve

Belgium

Louvain Institute of Biomolecular Science and Technology – groupe Halletcs_databasecs_tools

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Coffea Genome Evolution

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GUYOT Romain

Evolution des génomes des Coffea (EvoGeC)

Annotation, Bioinformatique, Coffea, Evolution, Apprentissage automatique, Plante, Polymorphismes, Rétrotransposons, Transposons [{"name":"InpactorDB: A Plant classified lineage-level LTR retrotransposon reference library for free-alignment methods based on Machine Learning","url":"https://inpactordb.github.io/"},{"name":"APTEdb: An Atlas of Plant Transposable Elements","url":"http://apte.cp.utfpr.edu.br/"}] [{"name": "NGSEP TF: Efficient homology-based annotation of transposable elements using minimizers","url":"https://doi.org/10.1002/aps3.11520"},{"name":"Inpactor2 LTR retrotransposon detector and classificator using Deep Learning","url":"https://github.com/simonorozcoarias/Inpactor2"},{"name": "TIP_Finder An HPC Software to Detect Transposable Element Insertion Polymorphisms in Large Genomic Datasets","url":"https://github.com/simonorozcoarias/TIP_finder"}] GUYOT Romain [] Evolution des génomes des Coffea (EvoGeC) Les éléments transposables et plus particulièrement les rétrotransposons à LTR représentent la grande majorité des séquences des génomes des plantes. Ils contribuent notamment à la variation de la structure des chromosomes et de la taille des génomes. Ils ont également la possibilité de modifier l’expression des gènes et d’avoir un impact important sur la diversité phénotypique et génétique des espèces. Le genre Coffea est composé de 124 espèces, dont des espèces cultivées d’Arabica (C. arabica) et de Robusta (C. canephora). La taille des génomes varie de 420 Mb à 900 Mb selon les gradients géographiques en Afrique et à Madagascar, ce qui suggère que la variation des séquences répétées pourrait participer au processus d’évolution et de spéciation. Une évaluation récente a indiqué que 60% des espèces sauvages ont aujourd’hui menacées d’extinction, ce qui renforce l’urgence de les sauvegarder et de les analyser. Notre groupe étudie les mécanismes de l’évolution du génome du genre Coffea par des approches génomique et bioinformatique via un séquençage massif des espèces du genre, en utilisant des technologies de lectures longues et courtes. Nous sommes particulièrement intéressés à comprendre le mécanisme de la variation de la taille du génome dans le genre et ses conséquences sur la structure du génome et l’adaptation des espèces. Au niveau intraspécifique, l’impact des éléments transposables sur la diversité phénotypique et génétique des espèces est étudié par l’analyse des données de re-séquençage. Pour atteindre ces objectifs, des outils bioinformatiques sont en cours de développement pour détecter les polymorphismes d’insertion et pour détecter et annoter les lignées de rétrotransposons à LTR dans les données génomiques en utilisant l’intelligence artificielle. La compréhension des mécanismes de la variation de la taille du génome et de ses conséquences chez les espèces de Coffea permettra d’améliorer nos connaissances sur l’évolution du genre. Institut de Recherche pour le Développement (IRD), UMR DIADE, Montpellier, Department of Electronics and Automation, Universidad Autónoma de Manizales, Colombia

IRD

UMR DIADE

911 Ave Agropolis

34000 Montpellier

Evolution des génomes des Coffea (EvoGeC)[{"name":"InpactorDB: A Plant classified lineage-level LTR retrotransposon reference library for free-alignment methods based on Machine Learning","url":"https://inpactordb.github.io/"},{"name":"APTEdb: An Atlas of Plant Transposable Elements","url":"http://apte.cp.utfpr.edu.br/"}][{"name": "NGSEP TF: Efficient homology-based annotation of transposable elements using minimizers","url":"https://doi.org/10.1002/aps3.11520"},{"name":"Inpactor2 LTR retrotransposon detector and classificator using Deep Learning","url":"https://github.com/simonorozcoarias/Inpactor2"},{"name": "TIP_Finder An HPC Software to Detect Transposable Element Insertion Polymorphisms in Large Genomic Datasets","url":"https://github.com/simonorozcoarias/TIP_finder"}]

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Epigenetics, Reproduction and Transposable Elements

["GRANDBASTIEN Marie-Angèle","BORGES Filipe"]
["https://www.mobil-et.cnrs.fr/wp-content/uploads/2024/03/Marie-Angele-GRANDBASTIEN.jpg","https://nexuscharter.com/wp-content/uploads/2024/02/User-Profile-PNG.jpg"]

GRANDBASTIEN Marie-Angèle

Epigénétique, Reproduction et Eléments Transposables

Allopolyploïdie, Nicotiana, Plante, Rétrotransposons, Réponse au stress cs_database cs_tools GRANDBASTIEN Marie-Angèle ["GRANDBASTIEN Marie-Angèle","BORGES Filipe"] Epigénétique, Reproduction et Eléments Transposables L’équipe RETROS s’intéresse aux élements transposables (ETs) de plantes, et notamment les rétrotransposons à LTR. Nos modèles sont les Nicotianées allotétraploïdes (issues d’hybridations entre espèces diploïdes associées à un doublement génomique), et principalement le tabac. Nous étudions la réponse des rétrotransposons aux stress externes et aux croisements interspécifiques, et leur impact sur l’évolution du génome face à un environnement changeant. Nous avons récemment démontré que l’activation des ETs par l’allopolyploïdie était corrélée au niveau de divergence des populations d’ETs des parents diploïdes, confirmant ainsi l’hypothèse de B. McClintock que l’activation des ETs par le choc génomique était reliée à la confrontation de deux génomes parentaux divergents. Nous développons aussi des projets visant à évaluer l’impact fonctionnel des rétrotransposons sur l’expression de gènes de tabac. Nous avons démontré que les LTRs de plusieurs éléments peuvent initier, en conditions de stress, des transcrits chimériques s’étendant sur les séquences génomiques adjacentes. En modulant l’expression de gènes adjacents, les rétrotransposons pourraient donc jouer un rôle dans la réponse globale de l’hôte à divers stimuli. Nous avons développé une collaboration avec l’URGI (Unité de Recherche Génomique Info) pour l’utilisation du pipeline REPET afin de caractériser de novo la composante en ETs du tabac et de ses parents diploïdes. Notre objectif principal est d’évaluer si la production de transcrits chimériques de rétrotransposons pourrait être impliquée dans les modifications différentielles de l’expression des gènes orthologues apportés par chacun des parents. Ces modifications sont fréquemment observées chez les allopolyploïdes en réponse à des modifications environnementales, et pourraient faciliter l’adaptation de la nouvelle espèce hybride. Les rétrotransposons pourraient donc diversifier la réponse globale des hybrides au stress et être impliqués dans leur succès évolutif. Institut Jean-Pierre Bourgin (IJPB), INRAE-AgroParisTech, UMR 1318, Université Paris Saclay

Bâtiment 2
INRAE Centre de Versailles-Grignon
Route de St-Cyr (RD10)
78026 Versailles Cedex (France)

Epigénétique, Reproduction et Eléments Transposablescs_databasecs_tools

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Ecology and Evolution of Antibiotic Resistance

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GLASER Philippe

Ecologie et Evolution de la Résistance aux antibiotiques

Resistance aux antibiotiques, Evolution, Intron de groupe II, Séquence d'insertion cs_database cs_tools GLASER Philippe [] Ecologie et Evolution de la Résistance aux antibiotiques Les transferts horizontaux jouent un rôle majeur dans la dissémination de la résistance aux antibiotiques par la transmission d’éléments génétiques mobiles (EGM) portant des gènes de résistance, mais également par les échanges alléliques par recombinaison, impliquant souvent également des EGM pour le transfert d’ADN par conjugaison ou par transduction. Par ailleurs, les séquences d’insertion (IS) et les introns de groupe 2 contribuent à l’évolution rapide d’une souche par recombinaison et certaines IS, comme IS26 contribuent à la dissémination et à l’amplification de gènes de résistance. Nos projets de recherche portent sur la compréhension de l’émergence et la dissémination des entérobactéries (E. coli et K. pneumoniae) multi résistantes (MDR). Dans ce cadre, nous caractérisons notamment la mobilité des éléments génétiques dans les isolats naturels (la vraie vie) et analysons leur contribution évolutive et écologiques à la dissémination de la résistance aux antibiotiques et à l’évolution de ces clones MDR. Institut Pasteur, CNRS UMR3525

28, Rue du Dr Roux

75015 Paris

France

Ecologie et Evolution de la Résistance aux antibiotiquescs_databasecs_tools

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Bioinformatics & Biomarkers

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GILBERT Nicolas

Bioinformatique et Biomarqueurs

Bioinformatique, Cancer, LINE-1, NGS, Rétrotransposons, Transcriptase inverse, Variation structurale, Transcriptomique cs_database cs_tools GILBERT Nicolas [] Bioinformatique et Biomarqueurs Le groupe bioinformatique comprend des spécialistes de l’algorithmique des textes et se concentrent sur la conception de nouveaux outils et structures pour l’analyse de séquençages haut débit d’ARN. Nous avons développé des logiciels et des structures de données pour l’analyse des données de Séquençage ARN (tels que Gk-Arrays, CRAC, CracTools, ChimCT). Récemment, nous avons créé de nouvelles stratégies basées sur des kmers capables d’organiser les séquences pour une réponse rapide à des requêtes spécifiques. Généralement silencieux, les rétrotransposons sont dérégulés dans de nombreux cancers. Nous nous intéressons au développement d’approches permettant de déchiffrer le rôle de la dérégulation épigénétique et de l’expression des rétrotransposons dans diverses leucémies myéloïdes aiguës. Institute for Regenerative medicine & Biotherapy (IRMB), Inserm UMR 1183, Université de Montpellier

Hôpital Saint-Eloi

80 rue Augustin Fliche

34295 Montpellier, France

Bioinformatique et Biomarqueurscs_databasecs_tools

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Phylogeny and Molecular Evolution

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FISTON-LAVIER Anna-Sophie

Phylogénie et Evolution Moléculaire

Adaptation, Bioinformatique, Evolution, NGS, Génomique des populations, Variation structurale cs_database [{"name":"T-lex3 : an accurate tool to genotype and estimate population frequencies of transposable elements using the latest short-read whole genome sequencing data","url":"https://github.com/asfistonlavie/T-lex3"},{"name":"etroSom: a transfer learning model trained on evolutionarily recent germline MEIs to detect low-level somatic MEIs","url":"https://github.com/asfistonlavie/RetroSom"}] FISTON-LAVIER Anna-Sophie [] Phylogénie et Evolution Moléculaire L’équipe Phylogénie et Evolution Moléculaire (PEM) étudie conjointement l’évolution du génotype et du phénotype des organismes réunissant des approches bioinformatiques et expérimentales avec un intérêt particulier pour les nouvelles technologies de séquençage. Les études sont menées sur un temps évolutif court mais aussi long (macroévolutive et phylogénétique). Une thématique de recherche animée par Anna-Sophie Fiston-Lavier consiste à étudier l’évolution moléculaire avec l’étude de l’impact de la recombinaison génétique, de la taille des populations et de la dynamique des éléments transposables. Institut des Science de l'Evolution (ISEM), Université de Montpellier, CNRS, EPHE, IRD

cc065, 1093-1317 Route de Mende

34090 Montpellier,

France

Phylogénie et Evolution Moléculairecs_database[{"name":"T-lex3 : an accurate tool to genotype and estimate population frequencies of transposable elements using the latest short-read whole genome sequencing data","url":"https://github.com/asfistonlavie/T-lex3"},{"name":"etroSom: a transfer learning model trained on evolutionarily recent germline MEIs to detect low-level somatic MEIs","url":"https://github.com/asfistonlavie/RetroSom"}]

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Genetics and evolution of interactions

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FABLET Marie

Génétique et Evolution des Interactions

Adaptation, Bioinformatique, Drosophila, Epigénétique, Evolution, Moustique, NGS, Génomique des populations, Petits ARN, Variation structurale, Transcriptomique [{"name":"TEtools: a dedicated method to the analysis of TE expression reveals a negative link between TEs and piRNA genes activities.","url":"https://github.com/l-modolo/TEtools"},{"name":"Goubert et al (2015) De novo assembly and annotation of the Asian tiger mosquito (Aedes albopictus) repeatome with dnaPipeTE from raw genomic reads and comparative analysis with the yellow fever mosquito (Aedes aegypti)","url":"https://www-ncbi-nlm-nih-gov.proxy.insermbiblio.inist.fr/pmc/articles/PMC4419797/"}] cs_tools FABLET Marie [] Génétique et Evolution des Interactions Notre équipe s’intéresse à la dynamique des éléments transposables et à leur évolution au sein des génomes, en particulier dans les populations naturelles d’insectes. Dans ce cadre, nous étudions la variabilité naturelle des mécanismes de régulation épigénétique des éléments transposables, notamment par les voies de petits ARN interférents, et ce, essentiellement dans le cadre de processus physiologiques comme le vieillissement ou la réponse aux infections, ou encore de changements environnementaux. D’autre part, à partir de modèles d’espèces invasives (Drosophila suzukii, Aedes albopictus), nous analysons le contenu des génomes en éléments transposables, à la fois comme marqueurs de différenciation génétique, mais également comme source de potentielles mutations adaptatives. Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive (LBBE), CNRS UMR 5558, Université Claude Bernard Lyon 1, VetAgroSup

43 bd du 11 novembre 1918

69622 Villeurbanne cedex

Génétique et Evolution des Interactions[{"name":"TEtools: a dedicated method to the analysis of TE expression reveals a negative link between TEs and piRNA genes activities.","url":"https://github.com/l-modolo/TEtools"},{"name":"Goubert et al (2015) De novo assembly and annotation of the Asian tiger mosquito (Aedes albopictus) repeatome with dnaPipeTE from raw genomic reads and comparative analysis with the yellow fever mosquito (Aedes aegypti)","url":"https://www-ncbi-nlm-nih-gov.proxy.insermbiblio.inist.fr/pmc/articles/PMC4419797/"}]cs_tools

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Epigenetic regulation of genome organization

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DUHARCOURT Sandra

égulation épigénetique de l’organisation du génome

Bioinformatique, Chromatine, Ciliés, DNA methylation, Epigénétique, Evolution, Plasticité génomique, Histone, Paramécie, Petits ARN cs_database [{"name":"DNAModAnnot: a R toolbox for DNA modification filtering and annotation ","url":"https://github.com/AlexisHardy/DNAModAnnot"}] DUHARCOURT Sandra [] égulation épigénetique de l’organisation du génome Le travail de recherche de notre équipe vise à comprendre, chez les eucaryotes, les principes fondamentaux qui gouvernent la structure des chromosomes et la stabilité génétique. Nous étudions un processus remarquable de réarrangements du génome qui se produit au cours du développement de Paramecium tetraurelia. Chez cet eucaryote unicellulaire, le développement du macronoyau somatique à partir du micronoyau germinal est marqué par l’élimination massive et reproductible de séquences répétées, tels que des éléments transposables, et de 45 000 courtes séquences d’ADN présentes en copie unique et dispersées dans le génome, elles-mêmes reliques d’éléments transposables. Nos recherches visent à : i) identifier l’ensemble des séquences éliminées au sein du groupe d’espèces proches Paramecium aurelia et retracer l’histoire évolutive des séquences éliminées par des approches de génomique comparative ; et ii) élucider les mécanismes moléculaires contrôlant le processus d’élimination d’ADN, en combinant des approches génétiques et génomiques, biochimiques, et de biologie cellulaire. Institut Jacques Monod, CNRS UMR7592, Université de Paris

15 rue Helene Brion

75205 Paris Cedex 13

France

égulation épigénetique de l’organisation du génomecs_database[{"name":"DNAModAnnot: a R toolbox for DNA modification filtering and annotation ","url":"https://github.com/AlexisHardy/DNAModAnnot"}]

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Insect Plant Microorganisms Interactions

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DREZEN Jean-Michel

Interactions Microorganismes Insectes Plantes (IMIP)

Baculovirus, Bioinformatique, Bracovirus, Guêpes galligènes, Transfert horizontal, Insectes, Nudivirus, Guêpes Parasitoïde [{"name":"BioInformatics Platform for Agroecosystems Arthropods","url":"https://eng-igepp.rennes.hub.inrae.fr/about-igepp/platforms/bioinformatics-platform-for-agroecosystems-athropods-bipaa"}] cs_tools DREZEN Jean-Michel [] Interactions Microorganismes Insectes Plantes (IMIP) Les thématiques de l’équipe sont fortement ancrées sur la compréhension du fonctionnement et de l’évolution des interactions multi-trophiques dans lesquelles s’engagent les insectes, que ce soit avec des virus ou des bactéries, des plantes ou d’autres insectes. L’objectif est d’étudier les interactions aussi bien au niveau des médiateurs moléculaires que des génomes, des populations et des espèces. Pour répondre à cet objectif général, les recherches au sein de l’équipe IMIP se déclinent en trois grands thèmes: physiologie moléculaire de la manipulation des hôtes par des insectes parasites, évolution des virus et des génomes d’hyménoptères, biodiversité et écologie évolutive des insectes et des microorganismes associés. L’étude des génomes comprend la caractérisation des éléments transposables et des transferts horizontaux de gènes et de transposons entre hyménoptères et lépidoptères médiés par les bracovirus. Institut de Recherche sur la Biologie de l’Insecte (IRBI), CNRS UMR 7261, Université de Tours

IRBI – Faculté des Sciences

Parc de Grandmont

37200 Tours

France

Interactions Microorganismes Insectes Plantes (IMIP)[{"name":"BioInformatics Platform for Agroecosystems Arthropods","url":"https://eng-igepp.rennes.hub.inrae.fr/about-igepp/platforms/bioinformatics-platform-for-agroecosystems-athropods-bipaa"}]cs_tools

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Retrotransposons and Genome Plasticity

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CRISTOFARI Gaël

Rétrotransposons et plasticité du génome

Bioinformatique, Cancer, DNA methylation, Epigénétique, Intégration, NGS, Rétrotransposons, Transcriptase inverse, Variation structurale [{"name":"euL1db, the European database of L1HS retrotransposon insertions in humans","url":"https://eul1db.ircan.org/faces/index.jsp"},{"name":"L1MethDB, A database of full-length L1 elements and their DNA methylation status in human cell lines","url":"https://l1methdb.ircan.org/"}] cs_tools CRISTOFARI Gaël [] Rétrotransposons et plasticité du génome Les rétrotransposons sont des séquences d’ADN hautement répétées, très abondantes dans le génome humain. Ils se dispersent par un mécanisme de copier-coller, appelé rétrotransposition, via un intermédiaire ARN et une étape de transcription inverse. Ce processus peut entraîner de profonds réarrangements chromosomiques. Bien que généralement silencieux, les rétrotransposons sont exprimés et mobiles dans les cellules germinales, dans l’embryon précoce et dans les cellules souches embryonnaires, ce qui peut provoquer des maladies génétiques. Les rétrotransposons sont également massivement ré-exprimés dans la grande majorité des cancers, contribuant ainsi à la plasticité des génomes tumoraux. Notre équipe étudie les mécanismes de réactivation des rétrotransposons dans les cancers humains, leur préférence de site d’insertion et leur impact sur les gènes. Dans ce but, nous développons des approches génomiques innovantes, en combinant biochimie, biologie moléculaire et cellulaire, et bioinformatique. Comprendre comment l’activité des rétrotransposons est contrôlée améliorera notre connaissance des mécanismes qui conduisent à l’apparition de nouvelles maladies génétiques ou à la formation des cancers. Institute for Research on Cancer and Ageing of Nice (IRCAN), CNRS UMR 7284, Inserm U1081, Université Côte d’Azur

IRCAN – Faculté de Médecine

28, Av. Valombrose

06107 Nice Cedex 2

France

Rétrotransposons et plasticité du génome[{"name":"euL1db, the European database of L1HS retrotransposon insertions in humans","url":"https://eul1db.ircan.org/faces/index.jsp"},{"name":"L1MethDB, A database of full-length L1 elements and their DNA methylation status in human cell lines","url":"https://l1methdb.ircan.org/"}]cs_tools

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RNA Sequence, Structure & Function

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COSTA Maria

Séquence, Structure et Fonction des ARN

Bioinformatique, Intron de groupe II, Procaryotes, Rétrotransposons, Transcriptase inverse cs_database cs_tools COSTA Maria [] Séquence, Structure et Fonction des ARN Nous étudions la structure, fonction et évolution des introns de groupe II mobiles par une approche multidisciplinaire qui combine l’analyse phylogénétique, la biologie moléculaire et la cristallographie aux rayons X. Les introns de groupe II forment la classe la plus abondante de rétrotransposons chez les bactéries et à ce titre jouent un rôle majeur dans la diversification et l’évolution des génomes bactériens. Ces éléments sont également très répandus dans les génomes des organites (mitochondries et chloroplastes) des plantes, algues et champignons. L’intron de groupe II mobile est un élément composite formé par un grand ARN catalytique (ribozyme) très structuré et auto-épissable, interrompu par une phase ouverte de lecture codant pour une transcriptase inverse multifonctionnelle. Les activités combinées du ribozyme auto-épissable et de sa transcriptase inverse opèrent la rétrotransposition de l’élément complet de façon très efficace et site-spécifique. De façon remarquable, les caractéristiques structurales et fonctionnelles des introns de groupe II mobiles suggèrent qu’ils seraient les ancêtres des introns nucléaires, du spliceosome et des rétrotransposons non-LTR eucaryotes parmi lesquels les éléments LINE-1 qui constituent 17% du génome humain. Nous utilisons des approches génétiques, biochimiques et structurales (cristallographie aux rayons X) pour (i) caractériser la variété de stratégies moléculaires qui sous-tendent la dissémination des introns de groupe II dans les génomes et (ii) déterminer l’impact fonctionnel de ces introns dans la cellule hôte. Collectivement, ces études permettront d’approfondir notre compréhension sur le rôle des introns de groupe II dans la dynamique et évolution des génomes hôtes et contribueront à éclairer la question des liens évolutifs entre rétrotransposons procaryotes et eucaryotes. Institute for Integrative Biology of the Cell (I2BC), Université Paris-Saclay, CEA

Campus du CNRS

Bâtiment 26

1, avenue de la terrasse

91190 Gif-sur-Yvette

FRANCE

Séquence, Structure et Fonction des ARNcs_databasecs_tools

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Genome dynamics and epigenetic variation (GDEV)

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COLOT Vincent

Dynamique des génomes et variation épigénétique (GDEV)

Arabidopsis, Bioinformatique, DNA methylation, Epigénomique, Plante, Génomique des populations, Rétrotransposons, Petits ARN, Variation structurale, Transposition cs_database [{"name":"TE-Sequence Capture: Massively parallel experimental detection of TE mobilization events in the model plant Arabidopsis thaliana. ","url":"https://doi.org/10.1007/978-1-0716-1134-0_14"},{"name":"SPLITREADER: bioinformatic pipeline for the detection of non-reference TE sequences in re-sequenced genomes.","url":"https://doi.org/10.1007/978-1-0716-1134-0_15"}] COLOT Vincent [] Dynamique des génomes et variation épigénétique (GDEV) Notre groupe étudie la contribution des éléments transposables (ET) à la création de variations phénotypiques héréditaires, à l’adaptation et à l’évolution. Nous nous intéressons particulièrement à établir l’impact des processus épigénétiques impliquant la chromatine, notamment la méthylation de l’ADN, sur différents aspects de la biologie des ET ainsi que sur le fonctionnement du génome. Nous utilisons la plante à fleurs Arabidopsis thaliana comme modèle expérimental principal et mettons en œuvre des approches avancées de génétique moléculaire ainsi que de génomique et d’épigénomique pour déterminer la distribution des ET au sein et entre génomes, les facteurs génétiques et environnementaux qui contrôlent leur mobilisation, et enfin l’effet des insertions d’ET sur les gènes avoisinants. Institut de Biologie de l’Ecole normale supérieure (Paris), CNRS UMR 8197, Inserm U1024

IBENS

46 rue d’Ulm

75230 Paris Cedex 05

France

Dynamique des génomes et variation épigénétique (GDEV)cs_database[{"name":"TE-Sequence Capture: Massively parallel experimental detection of TE mobilization events in the model plant Arabidopsis thaliana. ","url":"https://doi.org/10.1007/978-1-0716-1134-0_14"},{"name":"SPLITREADER: bioinformatic pipeline for the detection of non-reference TE sequences in re-sequenced genomes.","url":"https://doi.org/10.1007/978-1-0716-1134-0_15"}]

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Non-coding RNA, epigenetics and genome stability

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CHAMBEYRON Séverine

ARN non codants, épigénétique et stabilité génomique

Bioinformatique, Drosophila, Epigénétique, Intégration, NGS, piRNA, Répression, Rétrotransposons, Petits ARN cs_database [{"name":"TrEMOLO","url":"https:\/\/github.com\/DrosophilaGenomeEvolution\/TrEMOLO"}] CHAMBEYRON Séverine [] ARN non codants, épigénétique et stabilité génomique De nombreux génomes, dont le nôtre, contiennent de grandes quantités de séquences d’ADN étrangères, appelées éléments transposables (ET). Ces éléments se répliquent en insérant de nouvelles copies plus ou moins au hasard dans le génome de l’hôte. Ils peuvent être considérés comme des parasites ou des symbiotes génomiques, selon que leur transposition provoque des maladies induites par des mutations ou entraîne une adaptation à de nouveaux environnements. Malgré leur rôle important dans l’évolution et la maladie, nous en savons très peu sur les mécanismes évolutifs et moléculaires qui régissent les relations entre ces composants génomiques majeurs et la structure et la fonction du génome. Nous étudions les mécanismes de défense de l’hôte qui restreignent l’activité des ET en se concentrant sur la voie des piARN (Piwi interacting RNAs) dans la lignée germinale femelle de drosophile. Nous souhaitons aussi comprendre et modéliser dans quelle mesure les ET façonnent ou sont contraints par le génome. IGH, CNRS UMR9002, Université de Montpellier

141 rue de la Cardonille

34396 Montpellier Cedex 5

France

ARN non codants, épigénétique et stabilité génomiquecs_database[{"name":"TrEMOLO","url":"https:\/\/github.com\/DrosophilaGenomeEvolution\/TrEMOLO"}]

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Transposable elements and stress responses of organisms

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Casse Nathalie

Eléments transposables et réponse des organismes aux stress

Insectes ravageurs, Insectes, ARNlnc, Micro-algues, Réponse au stress cs_database cs_tools Casse Nathalie [] Eléments transposables et réponse des organismes aux stress Notre équipe étudie les éléments transposables dans le génome des micro-algues marines et leur implication dans la réponse au stress de ces organismes. Depuis peu, nous développons des travaux focalisés sur les longs ARN non-codants de micro-algues dérivant des éléments transposables. Parallèlement, nous collaborons avec le laboratoire de Biochimie et de Biotechnologie de la Faculté des Sciences de Tunis sur l’étude des éléments transposables des insectes ravageurs de cultures en Tunisie et sur l’impact de ces éléments dans la résistance aux pesticides. Pour répondre à ces questions, nous mettons en œuvre des approches de bioinformatique et de biologie moléculaire. Biologie des Organismes, Stress, Santé, Environnement (BiOSSE), Université du Mans

Avenue Olivier Messiaen

72000 Le Mans

France

Eléments transposables et réponse des organismes aux stresscs_databasecs_tools

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Structure and evolution of plant genomes

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CASACUBERTA Josep

Structure et évolution des génomes des plantes

Plasticité génomique, Plante, Variation structurale, Transposons cs_database cs_tools CASACUBERTA Josep [] Structure et évolution des génomes des plantes L’objectif principal de notre groupe est d’approfondir nos connaissances sur la structure des génomes végétaux et d’étudier comment ces génomes évoluent. Notre groupe a participé activement au séquençage et à l’annotation des génomes d’Arabidopsis, de Physcomitrella patens, de melon et de l’amande et travaille sur l’étude de l’évolution du génome des plantes cultivées en utilisant les données de reséquençage des variétés. Ces travaux devraient nous permettre de mieux comprendre comment la variabilité du génome est générée et comment cette variabilité est corrélée à la variabilité phénotypique des caractères qui ont été sélectionnés par l’homme lors de la domestication et de la sélection des plantes cultivées. Les éléments transposables sont l’un des principaux moteurs de la variabilité des plantes. Pour cette raison, nous étudions la régulation de l’activité des transposons ainsi que leur impact sur la génération de la variabilité génétique et épigénétique utile pour l’adaptation des plantes à son environnement ainsi que pour l’amélioration des plantes cultivées. Center for Research in Agricultural Genomics (CRAG), Spanish National Research Council (CSIC), Institute for Food and Agricultural Research and Technology (IRTA), Autonomous University of Barcelona (UAB) and the University of Barcelona (UB)

Campus UAB

Cerdanyola del Vallès, 08193 Barcelona

Spain

Structure et évolution des génomes des plantescs_databasecs_tools

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Laboratory of Physiology and Biotechnology of Algae

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CARRIER Grégory

Laboratoire Physiologie et Biotechnologie des Algues

Annotation, Bioinformatique, Epigénétique, NGS, Variation structurale cs_database [{"name":"Pirate a Pipeline to Retrieve and Annotate Transposable Elements","url":"https://www.seanoe.org/data/00406/51795/"}] CARRIER Grégory [] Laboratoire Physiologie et Biotechnologie des Algues Depuis maintenant sept ans, le laboratoire Physiologie et Biotechnologie des Algues (IFREMER) développe des projets de recherche sur la sélection des microalgues. Dans un contexte d’amélioration de souches de microalgues, il est déterminant de bien comprendre les différents mécanismes impliqués dans la dynamique des génomes. Nos recherches se focaliseront sur l’analyse des éléments mobiles en réponse à des situations physiologiques déterminées. En effet, les éléments mobiles sont des composants présents dans tous les génomes eucaryotes. Ils jouent un rôle majeur dans la plasticité des génomes en réponse à divers stress et constituent donc une source de diversité et d’adaptation pour les espèces. Des modifications, d’origine mutationnelle ou physiologique, portant sur les mécanismes de contrôle de ces éléments mobiles peuvent entrainer une activation de la transposition pouvant avoir des conséquences significatives sur l’ensemble du génome et donc sur le phénotype de l’individu. L’objectif de nos recherches est d’identifier et de caractériser les éléments mobiles dans le génome des algues et de comparer l’activité et le nombre de copies des éléments mobiles entre différents génotypes et selon différentes conditions de stress. IFREMER – Centre Atlantique - Unité Biologie des Ressources Marines

IFREMER-Centre de Nantes

rue de l’Ile d’Yeu
44311 NANTES

France

Laboratoire Physiologie et Biotechnologie des Alguescs_database[{"name":"Pirate a Pipeline to Retrieve and Annotate Transposable Elements","url":"https://www.seanoe.org/data/00406/51795/"}]

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Biology of Intracelluar Bacteria

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BUCHRIESER Carmen

Biologie des Bactéries Intracallulaires

Bioinformatique, DNA methylation, Epigénétique, Evolution, Transfert horizontal, Eléments conjugués intégratifs cs_database cs_tools BUCHRIESER Carmen [] Biologie des Bactéries Intracallulaires Le transfert horizontal de gènes (HGT) joue un rôle majeur dans la diversification et l’évolution des espèces bactériennes et est une question centrale dans l’étude de l’évolution des bactéries. Il permet de comprendre l’émergence de clones spécifiques et l’adaptation rapide à des environnements changeants comme ceux rencontrés lors de l’interaction avec un hôte. Les éléments génétiques mobiles (MGE) appartenant à différentes familles (plasmides, éléments conjugatifs intégratifs et îlots de pathogénicité (PAI)) sont des acteurs importants dans l’émergence de pathogènes. Nous étudions des bactéries appartenant au genre Legionella. Ce sont des bactéries environnementales qui se répliquent dans les protozoaires aquatiques, mais en particulier L. pneumophila et L. longbaechae sont également des pathogènes humains qui provoquent une pneumonie sévère qui peut être mortelle dans 5% à 20% des cas. Ces bactéries ont développé leurs caractéristiques de pathogénicité au cours de la co-évolution avec les cellules protozoaires. Nous avons montré par des analyses de séquences, de l’évolution et de la phylogénie que beaucoup de leurs gènes de virulence ont été acquis par HGT à partir de leurs hôtes protozoaires. De manière intéressante, plusieurs de ces gènes acquis par HGT sont des protéines sécrétées dans la cellule hôte qui modulent le paysage épigénétique de la cellule hôte. Un deuxième axe de nos recherches est de comprendre le mécanisme et d’identifier tous les changements épigénétiques qui sont induits par L. pneumophila lors de ‘infection des cellules. Institut Pasteur, CNRS UMR 3525

28, Rue du Dr Roux,

75014 Paris

France

Biologie des Bactéries Intracallulairescs_databasecs_tools

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Genetic Instabilities and Control by the Host genome

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BRASSET Emilie

Instabilités génétiques et contrôle par le génome hôte

Drosophila, Epigénétique, Régulation de l'expression des gènes, Edition du génome, Lignée germinale, piRNA, PIWI, Rétrotransposons, Petits ARN cs_database [{"name":"sRNAPipe: a Galaxy-based pipeline for bioinformatic in-depth exploration of small RNAseq data","url":"https://github.com/brassetjensen/sRNAPipe"}] BRASSET Emilie [] Instabilités génétiques et contrôle par le génome hôte Les génomes eucaryotes sont majoritairement composés de séquences répétées et notamment d’éléments transposables (ET), séquences d’ADN mobile hautement mutagènes constituant une menace sévère pour le maintien de l’intégrité des génomes. Les ETs résident dans le génome de toutes les espèces et occupent près de la moitié du génome humain. Le premier rempart à ériger pour contrer leur mobilisation est la protection de la lignée germinale puisque l’information génétique de ces cellules sera transmise à la descendance. Dix ans après la découverte des premiers petits ARNs non-codants, une nouvelle classe, les piARNs, a été découverte dans la lignée germinale des métazoaires y compris l’homme. Ces piARNs sont des régulateurs clés de l’expression des ETs. Pour cette raison, une mauvaise régulation de leur niveau d’expression peut entraîner l’apparition de pathologies. Malgré la distance évolutive qui sépare les drosophiles des humains, une forte conservation des réseaux moléculaires de la voie des piARNs a été démontrée. Les millions de piARNs produits par les cellules germinales proviennent de régions génomiques appelées clusters de piARNs. Ces clusters sont composés d’une multitude d’ETs et représentent le répertoire d’ETs que la cellule doit réprimer. Cependant suite à une réactivation d’ET dans un tissu somatique adjacent aux cellules germinales, certains de ces ETs sont capables d’infecter et d’envahir le génome de la lignée germinale comme le ferait un virus. L’ensemble de nos projets vise à comprendre la régulation transcriptionnelle des clusters de piARNs au cours du développement et la mise en place de la répression des ETs chez les organismes. Des approches combinées de microscopie confocale et électronique, de génétique, de génomique, d’édition du génome, de séquençages et de bio-informatique sont utilisées. Les approches originales que nous développons apporteront des réponses essentielles sur le rôle des petits ARN non-codant dans le maintien de l’intégrité des génomes. Institute of Genetics Reproduction and Development (iGReD), CNRS UMR6293, inserm U1103, Université Clermont Auvergne

Faculté de médecine – CRBC

28, Place Henri Dunant
63000 Clermont-Ferrand
France

Instabilités génétiques et contrôle par le génome hôtecs_database[{"name":"sRNAPipe: a Galaxy-based pipeline for bioinformatic in-depth exploration of small RNAseq data","url":"https://github.com/brassetjensen/sRNAPipe"}]

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Epigenetic decisions and reproduction

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BOURC’HIS Deborah

Décisions épigénétiques et reproduction

DNA methylation, Epigénétique, Fertility, Lignée germinale, Rétrotransposons, RNA methylation cs_database cs_tools BOURC’HIS Deborah [] Décisions épigénétiques et reproduction La reproduction est une fonction essentielle du vivant, qui repose sur la production de cellules appelées gamètes, l’ovocyte chez la femme et le spermatozoïde chez l’homme, qui sont spécialisées pour le processus de fécondation. Les gamètes se trouvent à la croisée des générations et sont porteuses de l’information génétique que les parents transmettent à la descendance mais aussi d’informations non codées génétiquement et qualifiées d’informations épigénétiques. Notre équipe étudie la mise en place du patrimoine épigénétique des gamètes lors de leur développement, son importance pour leur identité gamétique et leur intégrité, et dans quelle mesure cette information épigénétique gamétique est réellement transmise et maintenue dans la descendance et influence les phénotypes. Un aspect essentiel du contrôle épigénétique des gamètes est celui de la répression des rétrotransposons. En absence de contrôle, les rétrotransposons constituent une menace pour l’intégrité du matériel génétique héréditaire, pour la production de gamètes fécondants et à long terme, pour la pérennité des espèces. En combinant des approches génétiques ciblées et de criblage, alliées à des cartographie transcriptomiques et épigénomiques, et des reconstructions de trajectoires développementales, à la fois in vivo chez la souris et in cellula, notre équipe cherche à caractériser la diversité des mécanismes de défense dédiés à la répression des éléments transposables, leur impact sur la fertilité et le développement, leur évolution, et éventuellement, leur détournement pour de nouvelles fonctions de régulation génique. Institut Curie, CNRS UMR 3215, Inserm U934

Unité Biologie du Développement

26 rue d’Ulm

75248 Paris cedex 05

France

Décisions épigénétiques et reproductioncs_databasecs_tools

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Genome Evolution, Traits, Adaptation

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SALMON Armel

Évolution des génomes, traits d'histoire de vie, et adaptation

Epigénétique, Evolution, Plante, Polyploidie cs_database cs_tools SALMON Armel [] Évolution des génomes, traits d'histoire de vie, et adaptation La dynamique des éléments transposables et les duplications récurrentes de génome entier (polyploïdie) sont deux processus évolutifs majeurs façonnant la structure et le fonctionnement des génomes végétaux. Suite à l’hybridation et duplication du génome (cas de la spéciation par allopolyploïdie), la réunion de génomes parentaux divergents (pouvant présenter des charges différentes en éléments répétés) engendre une dynamique nouvelle jouant un rôle central dans l’évolution ultérieure des espèces. À court terme, l’hybridation et l’allopolyploïdie s’accompagnent d’une reprogrammation épigénétique et de changements d’expression des gènes (phénomènes collectivement désignés sous les termes de « chocs » génomiques ou transcriptomiques). Les études récentes révèlent que la dynamique structurale du génome et l’évolution de l’expression génique contribuent à long-terme aux processus de fractionnement et diploïdisation des génomes. Nous explorons ces processus en utilisant des approches comparatives sur des systèmes végétaux polyploïdes à différentes échelles de temps évolutif (chez des néopolyploïdes, mésopolyploïdes et paléopolyploïdes). Plus particulièrement, nous visons à comprendre les conséquences de la réunion de génomes divergents (suite à l’hybridation interspécifique) et de la duplication du génome sur la reprogrammation épigénétique, l’évolution de l’expression des gènes dans les contextes d’expansion rapide des espèces confrontées à de nouvelles situations environnementales (par exemple, espèces envahissantes), avec un intérêt particulier sur les fonctions d’intérêt écologique potentiellement affectées. UMR ECOBIO 6553 CNRS – Université de Rennes

Bâtiment 14A, Campus de Beaulieu

35 042 Rennes Cedex (France)

Évolution des génomes, traits d'histoire de vie, et adaptationcs_databasecs_tools

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Intraspecific variation and genome evolution

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BLEYKASTEN Claudine

Variation intra-spécifique et évolution des génomes

Bioinformatique, Génomique, NGS, Phénotypage, Rétrotransposons, SNV, Variation structurale, Levure cs_database cs_tools BLEYKASTEN Claudine [] Variation intra-spécifique et évolution des génomes Les populations naturelles présentent une immense diversité de variations phénotypiques, aussi bien en termes de morphologie, physiologie, comportement et susceptibilité aux maladies. Identifier les causes génétiques des variations phénotypiques est un objectif majeur en biologie. Afin de mieux comprendre la relation génotype-phénotype, les travaux de notre équipe visent à identifier les variants génétiques responsables de la part héritable des phénotypes, qui peut être impactée par la sélection. De par leurs génomes petits et compacts, les espèces de levures du subphylum des Saccharomycotina repésentent un modèle de choix pour décrire de manière exhaustive les polymorphismes génétiques intraspécifiques constitués par les variants nucléotidiques ponctuels, les variations du nombre de copies, les petites insertions et délétions (indels) et les variants structuraux (SV) incluant les éléments transposables. Dans ce vaste contexte, mes travaux de recherche se focalisent sur la caractérisation des variations dans le contenu et l’activité des éléments transposables, afin d’identifier les mécanismes responsables de ces différences, à l’échelle intraspécifique. Génétique Moléculaire, Génomique, Microbiologie (GMGM), UMR7156, Université de Strasbourg

GMGM UMR7156

Plateforme de Biologie
4, allée K. Roentgen
67000 Strasbourg

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Programmed genome rearrangements

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BETERMIER Mireille

Réarrangements programmés du génome

Cassure d'ADN double brin, Epigénétique, Génomique, NHEJ, Paramécie, Transposase, Transposons cs_database cs_tools BETERMIER Mireille [] Réarrangements programmés du génome Les transposons ADN sont mobilisés au sein de leurs génomes-hôtes grâce à l’action de leur transposase, une enzyme qui se fixe spécifiquement aux extrémités des transposons et y introduit les coupures de l’ADN initiatrices de la transposition. Nous étudions la contribution des éléments transposables (ET) à la dynamique des génomes chez un unicellulaire modèle, le cilié Paramecium tetraurelia. La paramécie possède deux différents types de noyaux dans son cytoplasme : le macronoyau somatique (MAC), siège de la transcription génique, et deux micronoyaux germinaux (MIC), essentiels pour la reproduction sexuée. A chaque cycle sexuel, un nouveau MAC est formé à partir du MIC, au cours d’un processus impliquant l’élimination de ~30% d’ADN germinal, comportant des ET et d’autres séquences répétées. L’un des acteurs-clés de ces réarrangements programmés du génome somatique est l’endonucléase PiggyMac, une transposase PiggyBac domestiquée catalytiquement active qui, en association avec cinq autres transposases domestiquées de la même famille, introduit des coupures double-brin sur l’ADN aux extrémités de ~45 000 séquences germinales apparentées à des transposons Tc/mariner, initiant ainsi leur excision précise. L’un des principaux axes de recherche de notre équipe est la compréhension des mécanismes moléculaires impliqués dans l’élimination programmée d’ADN et le contrôle épigénétique des réarrangements. Nous combinons des approches génétiques, biochimiques et cellulaires à l’utilisation de méthodes de séquençage haut-débit pour caractériser le rôle du complexe associé à l’endonucléase, la fonction de ses différentes sous-unités et la manière dont il reconnaît ses cibles sur la chromatine. Nous étudions également comment le complexe responsable de l’introduction des coupures sur l’ADN interagit avec la voie de réparation par non-homologous end joining (NHEJ) et préserve ainsi l’intégrité du génome pendant les réarrangements programmés. Dans le cadre d’un grand projet France Génomique de séquençage, coordonné par Sandra Duharcourt, également membre du GDR, notre équipe contribue à l’assemblage et l’annotation des génomes germinaux et somatiques de 13 espèces de paramécies. Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), UMR 9198, Université Paris-Saclay

1 avenue de la Terrasse

91198 Gif-sur-Yvette cedex

France

Réarrangements programmés du génomecs_databasecs_tools

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